inst/doc/Rclusterpp.R

In Rclusterpp: Linkable C++ clustering

### R code from vignette source 'Rclusterpp.Rnw'

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### code chunk number 1: version
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prettyVersion <- packageDescription("RcppEigen")$Version
prettyDate <- format(Sys.Date(), "%B %e, %Y")


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### code chunk number 2: preliminaries
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require( Rclusterpp )
Rclusterpp.setThreads(1)


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### code chunk number 3: simple
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h <- hclust(dist(USArrests, method="euclidean"), method="average")
r <- Rclusterpp.hclust(USArrests, method="average", distance="euclidean")
# Check equality of the dedrogram tree and agglomeration heights
identical(h$merge, r$merge) && all.equal(h$height, r$height)


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### code chunk number 4: linkages
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Rclusterpp.linkageKinds()


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### code chunk number 5: distances
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Rclusterpp.distanceKinds()


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### code chunk number 6: example
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cat(readLines(system.file("examples","clustering.R",package="Rclusterpp")),sep="\n")