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In aphid: Analysis with Profile Hidden Markov Models

#' Print summary methods.
#' @param x object of various classes.
#' @param ... additional arguments to be passed between methods.
#' @return NULL (invisibly)
#' @author Shaun Wilkinson
#' @name print
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print.PHMM <- function(x, ...){
  cat("Profile hidden Markov model (object class: 'PHMM')\n",
      "with ",
      x$size,
      " internal modules emitting ",
      nrow(x$E),
      " unique residues\n",
      "(",
      paste(rownames(x$E), collapse = ", "),
      ").\n",
      sep = "")
}
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#' @rdname print
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print.HMM <- function(x, ...){
  cat("Hidden Markov model (object class: 'HMM') with ",
      nrow(x$E),
      " hidden states (",
      paste(rownames(x$E), collapse = ", "),
      ") emitting ",
      ncol(x$E),
      " unique residues (",
      paste(colnames(x$E), collapse = ", "),
      ").\n",
      sep = "")
}
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#' @rdname print
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print.DPA <- function(x, ...){
  if(is.null(x$path)){
    if(x$odds){
      cat("Log odds score: ", x$score)
    }else{
      cat("Full (log) probability of sequence given model =", x$score)
    }
  }else{
    cat("Optimal path with length", length(x$path), "and score", x$score)
  }
}
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