R/jagsModel.R

In dclone: Data Cloning and MCMC Tools for Maximum Likelihood Methods

jagsModel <-
function(file, data = sys.frame(sys.parent()), 
inits, n.chains = 1, n.adapt = 1000, quiet = FALSE) 
{
    requireNamespace("rjags")
    if (is.function(file) || inherits(file, "custommodel")) {
        if (is.function(file))
            file <- match.fun(file)
        file <- write.jags.model(file)
        on.exit(try(clean.jags.model(file)))
    }
    n.clones <- dclone::nclones.list(as.list(data))
    res <- rjags::jags.model(file=file, data=data, 
            inits=inits, n.chains=n.chains,
            n.adapt=n.adapt, quiet=quiet)
    if (!is.null(n.clones) && n.clones > 1) {
        attr(res, "n.clones") <- n.clones
    }
    res
}