geepack-manual.R
In geepack: Generalized Estimating Equation Package

### R code from vignette source 'geepack-manual.Rnw'

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### code chunk number 1: geepack-manual.Rnw:16-19
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require( geepack )
prettyVersion <- packageDescription("geepack")$Version
prettyDate <- format(Sys.Date())


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### code chunk number 2: geepack-manual.Rnw:73-75
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library(geepack)
citation("geepack")


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### code chunk number 3: geepack-manual.Rnw:92-100
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library(geepack)
timeorder <- rep(1:5, 6)
tvar      <- timeorder + rnorm(length(timeorder))
idvar <- rep(1:6, each=5)
uuu   <- rep(rnorm(6), each=5)
yvar  <- 1 + 2*tvar + uuu + rnorm(length(tvar))
simdat <- data.frame(idvar, timeorder, tvar, yvar)
head(simdat,12)


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### code chunk number 4: geepack-manual.Rnw:109-111
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mod1 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdat, corstr="ar1")
mod1


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### code chunk number 5: geepack-manual.Rnw:127-133
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set.seed(123)
## library(doBy)
simdatPerm <- simdat[sample(nrow(simdat)),]
## simdatPerm <- orderBy(~idvar, simdatPerm)
simdatPerm <- simdatPerm[order(simdatPerm$idvar),]
head(simdatPerm)


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### code chunk number 6: geepack-manual.Rnw:143-145
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mod2 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm, corstr="ar1")
mod2


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### code chunk number 7: geepack-manual.Rnw:152-155
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## simdatPerm2 <- orderBy(~timeorder, data=simdat)
simdatPerm2 <- simdat[order(simdat$timeorder),]
geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm2, corstr="ar1")


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### code chunk number 8: geepack-manual.Rnw:162-166
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wav <- simdatPerm$timeorder
wav
mod3 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm, corstr="ar1", waves=wav)
mod3


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### code chunk number 9: geepack-manual.Rnw:175-181
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cor.fixed <- matrix(c(1    , 0.5  , 0.25,  0.125, 0.125,
                      0.5  , 1    , 0.25,  0.125, 0.125,
                      0.25 , 0.25 , 1   ,  0.5  , 0.125,
                      0.125, 0.125, 0.5  , 1    , 0.125,
                      0.125, 0.125, 0.125, 0.125, 1     ), 5, 5)
cor.fixed


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### code chunk number 10: geepack-manual.Rnw:189-191
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zcor <- fixed2Zcor(cor.fixed, id=simdatPerm$idvar, waves=simdatPerm$timeorder)
zcor


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### code chunk number 11: geepack-manual.Rnw:200-202
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mod4 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm, corstr="fixed", zcor=zcor)
mod4