Nothing
### R code from vignette source 'opticskxi.Rnw'
### Encoding: UTF-8
###################################################
### code chunk number 1: opticskxi.Rnw:61-62
###################################################
options(prompt = "R> ", continue = "+ ", width = 70, useFancyQuotes = FALSE)
###################################################
### code chunk number 2: shape_ds3
###################################################
library('opticskxi')
data('multishapes')
dbscan_shapes <- dbscan::dbscan(multishapes[1:2], eps = 0.15)
gg_shapes <- cbind(multishapes[1:2], Clusters = dbscan_shapes$cluster) %>%
ggpairs(group = 'Clusters')
data('DS3', package = 'dbscan')
dbscan_ds3 <- dbscan::dbscan(DS3, minPts = 25, eps = 12)
gg_ds3 <- cbind(DS3, Clusters = dbscan_ds3$cluster) %>%
ggpairs(group = 'Clusters')
cowplot::plot_grid(gg_shapes, gg_ds3, nrow = 2,
labels = c('(a)', '(b)'), label_x = 0.9)
###################################################
### code chunk number 3: multi_gauss
###################################################
n <- 1e3
set.seed(0)
multi_gauss <- cbind.data.frame(
x = c(rnorm(n / 2, -3), rnorm(n / 4, 3), rnorm(n / 4, 3, .2)),
y = c(rnorm(n * .75), rnorm(n / 8, 1, .2), rnorm(n / 8, -1, .2)))
dbscan_gauss <- dbscan::dbscan(multi_gauss, minPts = 30, eps = .5)
gg_mgauss <- cbind(multi_gauss, Clusters = dbscan_gauss$cluster) %>%
ggpairs(group = 'Clusters')
gg_mgauss_small <- dbscan::dbscan(multi_gauss, minPts = 30, eps = .2) %$%
cbind(multi_gauss, Clusters = cluster) %>% ggpairs(group = 'Clusters')
cowplot::plot_grid(gg_mgauss, gg_mgauss_small, nrow = 2,
labels = c('(a)', '(b)'), label_x = .9)
###################################################
### code chunk number 4: multi_gauss_xi
###################################################
optics_gauss <- dbscan::optics(multi_gauss, minPts = 30)
xi_gauss <- dbscan::extractXi(optics_gauss, xi = 0.03)
ggplot_optics(optics_gauss, groups = xi_gauss$cluster)
###################################################
### code chunk number 5: multi_gauss_kxi
###################################################
kxi_gauss <- opticskxi(optics_gauss, n_xi = 4, pts = 100)
ggplot_optics(optics_gauss, groups = kxi_gauss)
###################################################
### code chunk number 6: kxi_shapes_ds3
###################################################
gg_shapes_optics <- dbscan::optics(multishapes[1:2]) %>%
ggplot_optics(groups = opticskxi(., n_xi = 5, pts = 30))
gg_ds3_optics <- dbscan::optics(DS3, minPts = 25) %>%
ggplot_optics(groups = opticskxi(., n_xi = 6, pts = 100))
cowplot::plot_grid(gg_shapes_optics, gg_ds3_optics, nrow = 2,
labels = c('(a)', '(b)'), label_x = .9)
###################################################
### code chunk number 7: hla_metrics
###################################################
data('hla')
m_hla <- hla[-c(1:2)] %>% scale
df_params_hla <- expand.grid(n_xi = 3:5, pts = c(20, 30, 40),
dist = c('manhattan', 'euclidean', 'abscorrelation', 'abspearson'))
df_kxi_hla <- opticskxi_pipeline(m_hla, df_params_hla)
ggplot_kxi_metrics(df_kxi_hla, n = 8)
###################################################
### code chunk number 8: hla_profiles
###################################################
gtable_kxi_profiles(df_kxi_hla) %>% plot
###################################################
### code chunk number 9: opticskxi.Rnw:244-249
###################################################
best_kxi_hla <- get_best_kxi(df_kxi_hla, rank = 2)
clusters_hla <- best_kxi_hla$clusters
hla$id %<>% `levels<-`(c('Controls', 'Sch. patients'))
residuals_table(clusters_hla, hla$id) %>% print_table('HLA')
###################################################
### code chunk number 10: hla_dimred
###################################################
fortify_pca(m_hla, sup_vars = data.frame(Clusters = clusters_hla)) %>%
ggpairs('Clusters', ellipses = TRUE, variables = TRUE)
###################################################
### code chunk number 11: crohn_metrics
###################################################
data('crohn')
m_crohn <- crohn[-c(1:6)] %>% scale
df_params_crohn <- expand.grid(n_xi = 3:5, dim_red = c('PCA', 'ICA'),
dist = c('euclidean', 'abscorrelation', 'abspearson'),
pts = c(30, 40, 50), n_dimred_comp = c(4, 6, 8))
df_kxi_crohn <- opticskxi_pipeline(m_crohn, df_params_crohn)
ggplot_kxi_metrics(df_kxi_crohn)
###################################################
### code chunk number 12: crohn_profiles
###################################################
gtable_kxi_profiles(df_kxi_crohn) %>% plot
###################################################
### code chunk number 13: opticskxi.Rnw:299-304
###################################################
best_kxi_crohn <- get_best_kxi(df_kxi_crohn, rank = 1)
clusters_crohn <- best_kxi_crohn$clusters
crohn$crohn %<>% factor %>% `levels<-`(c('Controls', 'Crohn patients'))
residuals_table(clusters_crohn, crohn$crohn) %>% print_table('Crohn')
###################################################
### code chunk number 14: crohn_dimred
###################################################
ica <- fortify_ica(m_crohn, n.comp = 4,
sup_vars = data.frame(Clusters = clusters_crohn))
ggpairs(ica, 'Clusters', axes = 1:4, ellipses = TRUE, level = .75) %>%
plot
###################################################
### code chunk number 15: crohn_dimred_23
###################################################
ggpairs(ica, 'Clusters', axes = 2:3, ellipses = TRUE, variables = TRUE,
n_vars = 3)
Any scripts or data that you put into this service are public.
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.