calcular_incidencia: Calcular incidencia

In sivirep: Data Wrangling and Automated Reports from 'SIVIGILA' Source

Calcular incidencia

Description

Función que calcula la incidencia de una enfermedad o evento para todo Colombia, un departamento o un municipio.

Usage

calcular_incidencia(
  data_incidencia = NULL,
  cache = FALSE,
  ruta_dir = NULL,
  data_agrupada,
  poblacion = NULL,
  year = NULL,
  dpto = NULL,
  mpio = NULL,
  sex = NULL
)

Arguments

data_incidencia	Un 'data.frame' que contiene la población a riesgo o las proyecciones poblaciones DANE. Si este parámetro está vacío, se importará la población a riesgo o las proyecciones, dependiendo de la disponibilidad de la información; su valor por defecto es 'NULL'.
cache	Un 'logical' ('TRUE' o 'FALSE') que indica si la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser almacenados en caché. Su valor por defecto es 'FALSE'.
ruta_dir	Un 'character' (cadena de caracteres) que especifica la ruta del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE. Su valor por defecto es 'NULL'.
data_agrupada	Un 'data.frame' que contiene los datos de la enfermedad agrupados por departamento o municipio y número de casos.
poblacion	Un 'character' (cadena de caracteres) con el tipo de población para calcular la incidencia. Puede ser '"riesgo"' para la población a riesgo o '"proyecciones"' para las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es 'NULL'.
year	Un 'numeric' (numérico) con el año que se debe tomar en la población a riesgo o en las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es 'NULL'.
dpto	Un 'character' (cadena de caracteres) o 'numeric' (numérico) que contiene el código o nombre del departamento; su valor por defecto es 'NULL'.
mpio	Un 'character' (cadena de caracteres) o 'numeric' (numérico) que contiene el código o nombre del municipio; su valor por defecto es 'NULL'.
sex	Un 'character' (cadena de caracteres) que especifica el sexo: '"F"' para Femenino y '"M"' para Masculino; su valor por defecto es 'NULL'.

Value

Un 'numeric' con el cálculo de la incidencia para todo Colombia, un departamento, municipio o sexo especifico.

Examples

data(dengue2020)
data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
# Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por departamento
data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
if (interactive()) {
  calcular_incidencia(
    data_agrupada = data_agrupada_mpios,
    poblacion = "proyecciones",
    dpto = "05",
    year = 2020,
    cache = TRUE
  )
}
# Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales por municipio
calcular_incidencia(
  data_agrupada = data_agrupada_mpios,
  poblacion = "proyecciones",
  dpto = "Antioquia",
  mpio = "05001",
  year = 2020,
  ruta_dir = tempdir()
)
# Cálculo de la incidencia con población a riesgo para Colombia
data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
calcular_incidencia(
  poblacion = "riesgo",
  data_agrupada = data_agrupada_dptos,
  year = 2020,
  ruta_dir = tempdir()
)

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