calcular_incidencia_geo: Calcular incidencia según distribución geográfica

In sivirep: Data Wrangling and Automated Reports from 'SIVIGILA' Source

Calcular incidencia según distribución geográfica

Description

Función que calcula la incidencia de una enfermedad o evento para todos los departamentos de Colombia o los municipios de un departamento.

Usage

calcular_incidencia_geo(
  data_incidencia = NULL,
  cache = FALSE,
  ruta_dir = NULL,
  data_agrupada,
  poblacion = NULL,
  year = NULL
)

Arguments

data_incidencia	Un 'data.frame' que contiene las proyecciones poblacionales del DANE; su valor por defecto es 'NULL'.
cache	Un 'logical' ('TRUE' o 'FALSE') que indica si la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE descargadas deben ser almacenados en caché. Su valor por defecto es 'FALSE'.
ruta_dir	Un 'character' (cadena de caracteres) que especifica la ruta del directorio donde se almacenarán la población a riesgo o las proyecciones poblacionales DANE. Su valor por defecto es 'NULL'.
data_agrupada	Un 'data.frame' que contiene los datos de la enfermedad agrupados por departamento o municipio y número de casos.
poblacion	Un 'character' (cadena de caracteres) con el tipo de población para calcular la incidencia. Puede ser '"riesgo"' para la población a riesgo o '"proyecciones"' para las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es 'NULL'.
year	Un 'numeric' (numérico) con el año que se debe tomar en la población a riesgo o en las proyecciones poblacionales DANE; su valor por defecto es 'NULL'.

Value

Un 'data.frame' con el cálculo de la incidencia para todos los departamentos de Colombia o los municipios de un departamento.

Examples

data(dengue2020)
data_limpia <- limpiar_data_sivigila(data_event = dengue2020)
data_agrupada_mpios <- agrupar_mpio(data_limpia, dpto = "Antioquia")
# Cálculo de la incidencia con población a riesgo por departamento
if (interactive()) {
  calcular_incidencia_geo(
    poblacion = "riesgo",
    data_agrupada = data_agrupada_mpios,
    year = 2020,
    cache = TRUE
  )
}
data_agrupada_dptos <- agrupar_dpto(data_limpia)
# Cálculo de la incidencia con proyecciones poblacionales para Colombia
calcular_incidencia_geo(
  poblacion = "proyecciones",
  data_agrupada = data_agrupada_dptos,
  year = 2020,
  ruta_dir = tempdir()
)

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