script/GSE67310_hciN_data_processing.R

In BioHPC/LONGO: Long gene expression as a metric for neuronal identity

# Hu et al., Cell Stem Cell 2015
# Raw data obtained from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE69480
# File name: GSE69480_series_matrix.txt.gz

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# Raw data processing
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# GSE69480_series_matrix.txt.gz meta data was used to assign sample names, and then all
# meta data was removed. The output file is called GSE69480_hciN.processed.csv.

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# LONGO processing information
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# Species: Hsapiens
# Gene ID: affy_primeview
# Quantile normalized
# Sliding median
# Multi probe values averaged
# Bin size: 200
# Step size: 40
# Control column: HAFs