script/GSE77523_shPTB_human_data_processing.R

In BioHPC/LONGO: Long gene expression as a metric for neuronal identity

# Xue et al., 2016
# Data source: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE77nnn/GSE77523/suppl/GSE77523%5Fraw%2Dread%2Dcounts%2Etxt%2Egz

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# Data processing
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# Changed the name of the file to GSE77523_shPTB_human.csv, and made comma seperated.

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# LONGO processing information
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# Species: Hsapiens
# Gene ID: external_gene_name
# Quantile normalized
# Data filtered (>1 cpm for at least 4 samples)
# Sliding median
# Multi probe values averaged
# Bin size: 200
# Step size: 40