script/Habib_DivSeq_mouse_data_processing.R

In BioHPC/LONGO: Long gene expression as a metric for neuronal identity

# Habib et al., Science 2016
# Data obtained from: http://science.sciencemag.org/highwire/filestream/682212/field_highwire_adjunct_files/5/Table_S5.xlsx
# File name: Table_S5.xlsx

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# Raw data processing information
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# Table_S5.xlsx meta data and cluster information was removed, and the resulting file
# was saved as Habib_DivSeq_maturing_mouse_neurons.processed.csv

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# LONGO processing information
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# Species: Mmusculus
# Gene ID: external_gene_name
# Quantile normalized
# Sliding median
# Multi probe values averaged
# Bin size: 200
# Step size: 40
# Control column: Sample 1