R/phmms.r

In CNuge/debar: A Post-Clustering Denoiser for COI-5P Barcode Data

#load('R/sysdata.rda')
#use_data(nt_coi_PHMM, example_nt_string, example_nt_string_errors, ex_nt_list, overwrite = TRUE, internal = TRUE)
#then load for dev with:
# load('R/sysdata.rda')


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#'An example of a list of four coi5p sequences, each containing indel errors.
#'
#'
"ex_nt_list"
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#' Nucleotide profile hidden markov model for debar.
#'
#' This model is stored in the package and was trained on a representitive
#' sample of the barcode of life database (http://www.boldsystems.org/index.php).
#'
#' @keywords internal
"nt_coi_PHMM"
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#' Example coi5p DNA sequence string.
#'
#' This string of barcode data is used in the package documentation's examples
#' and within the vignette demonstrating how to use the package.
"example_nt_string"
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#' Example coi5p DNA sequence string with insertion and deletion errors.
#'
#' This string of barcode data is used in the package documentation's examples
#' and within the vignette demonstrating how to use the package.
"example_nt_string_errors"
###############################################################################