R/PlotCPUEData.R

In DanOvando/DLSA: Library Data Limited Stock Assessment Modules

#' Plot CPUE Data
#'
#' @param CPUEDat
#' @param FigureFolder
#' @param Fish
#' @param Species
#' @param Site
#' @param Theme
#'
#' @return
#' @export

PlotCPUEData<- function(CPUEDat,FigureFolder,Fish,Species,Site,Theme)
{

  #   DensityDat<- DensityData
  CPUESummary<- CPUEDat %>%
    group_by(Year,MPA) %>%
      summarize(NumberCPUE=mean(Count/AnglerHours,na.rm=T),BiomassCPUE=mean(Biomass/AnglerHours,na.rm=T))

#     summarize(NumberCPUE=sum(Count,na.rm=T)/sum(AnglerHours,na.rm=T),BiomassCPUE=sum(Biomass,na.rm=T)/sum(AnglerHours,na.rm=T))


  CPUESummary$SiteType[CPUESummary$MPA==0]<- 'Fished'

  CPUESummary$SiteType[CPUESummary$MPA==1]<- 'MPA'

  CPUEDat$SiteType[CPUESummary$MPA==0]<- 'Fished'

  CPUEDat$SiteType[CPUESummary$MPA==1]<- 'MPA'

  pdf(file=paste(FigureFolder,Species,'-',Site,' CPUE Data.pdf',sep=''),height=5,width=5)
  print(ggplot(data=CPUESummary,aes(Year,NumberCPUE,color=SiteType))+geom_line(size=3)+
          scale_color_manual(name='',values=c(FishedColor,MPAColor))+
          ylab(paste('Number/Angler Hour',sep=''))+ggtitle(paste(Species,Site,sep='-'))+Theme)

  BioCPUE<- (ggplot(data=CPUESummary,aes(Year,BiomassCPUE,color=SiteType))+geom_line(size=3)+
               scale_color_manual(name='',values=c(FishedColor,MPAColor))+
               ylab(paste('kg/Angler Hour',sep=''))+ggtitle(paste(Species,Site,sep='-'))+Theme)
  print(BioCPUE)

  DotCPUE<- ((ggplot(data=CPUEDat,aes(Year,Biomass/AnglerHours,color=SiteType)))+geom_point(size=6,alpha=0.6)
             +ylab(paste('kg/Angler Hour per trip',sep=''))+ggtitle(paste(Species,Site,sep='-'))
             +scale_color_manual(name='',values=c(FishedColor,MPAColor))+Theme)

  BoxCPUE<- ((ggplot(data=CPUEDat,aes(factor(Year),Biomass/AnglerHours,fill=SiteType)))+geom_boxplot()
             +ylab(paste('kg/Angler Hour per trip',sep=''))+ggtitle(paste(Species,Site,sep='-'))
             +scale_fill_manual(name='',values=c(FishedColor,MPAColor))+Theme)

  print(DotCPUE)

  dev.off()
  write.csv(file=paste(ResultFolder,AssessmentName,' CPUE Data Summary.csv',sep=''),CPUESummary)

  save(BioCPUE,DotCPUE,BoxCPUE,file=paste(FigureFolder,Species,'-',Site,'CPUE Data.Rdata',sep=''))

  return(BioCPUE)
}