classify: Klasifikace DNA sekvence

In HeczkovaPetra/BP-Klasifikace-DNA-sekvenci:

Description

Zpracuje vstupni soubor, najde k nemu nejblizsi shluky, zjistuje pocet zastupcu nadtridy v nejblizsich shlucich, klasifiku podle prahovych hodnot. Potrebuje k cinnosti knihovnu Biostrings.

Usage

classify(name, fold, param, csc, cl)

Arguments

name	jmeno a cesta k FASTA souboru s hledanou sekvenci
fold	slozka kde jsou umisteny soubory referencnich dat
param	seznam prahovych hodnot, vystup funkce sampl_1 nebo sampl_2
csc	pocet nejblizsich fragmentu, zadava uzivatel
cl	informace o shlucich, vystup funkce train

Examples

classify("ar-ea-015.fa","slozka/",c(0.5,0.4,0.3),100, cl)
classify("cesta/eu-ne-208.fa","slozka",p,30, cl)

HeczkovaPetra/BP-Klasifikace-DNA-sekvenci documentation built on May 6, 2019, 10:56 p.m.