inst/testScripts/robustness/chipTypes/Mapping10K_Xba142/11.doASCRMAv1,CBS,invalid.R

In HenrikBengtsson/aroma.affymetrix: Analysis of Large Affymetrix Microarray Data Sets

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# ROBUSTNESS TEST
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library("aroma.affymetrix")
verbose <- Arguments$getVerbose(-4, timestamp=TRUE)

dataSet <- "GSE8605"
chipType <- "Mapping10K_Xba142"

csR <- AffymetrixCelSet$byName(dataSet, chipType=chipType)
csR <- csR[1:6]
print(csR)

cesN <- doASCRMAv1(csR, verbose=verbose, drop=FALSE)$cesN

# This should throw "Exception: Unsupported chip effects. ..."
cbs <- NULL
tryCatch({
  cbs <- CbsModel(cesN)
}, error = function(ex) {
  print(ex)
})
print(cbs)

# Sanity check
stopifnot(is.null(cbs))


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# HISTORY:
# 2012-08-30
# o Simplified test script to utilize doASCRMAv1().
# 2009-11-13
# o Created.  Thanks to Pierre Neuvial for the report.
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