inst/testScripts/system/chipTypes/CytoScanHD_Array/21,doASCRMAv2.R

In HenrikBengtsson/aroma.affymetrix: Analysis of Large Affymetrix Microarray Data Sets

library("aroma.affymetrix")
verbose <- Arguments$getVerbose(-50, timestamp=TRUE)

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# Setting up data set
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dataSetName <- "Affymetrix-CytoScanHD"
chipType <- "CytoScanHD_Array"

csR <- AffymetrixCelSet$byName(dataSetName, chipType=chipType)
print(csR)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Allele-specific CRMAv2
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
dsNList <- doASCRMAv2(csR, verbose=verbose)
print(dsNList)