inst/testScripts/system/chipTypes/Mapping10K_Xba142/11.doCRMAv1,SmNorm.R

In HenrikBengtsson/aroma.affymetrix: Analysis of Large Affymetrix Microarray Data Sets

library("aroma.affymetrix")
verbose <- Arguments$getVerbose(-4, timestamp=TRUE)

# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Setup
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
dataSet <- "GSE8605"
chipType <- "Mapping10K_Xba142"
csR <- AffymetrixCelSet$byName(dataSet, chipType=chipType, verbose=verbose)

# Process only the first six arrays (and in reverse order)
subset <- 6:1
csR <- csR[subset]
print(csR)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# CRMAv1
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
res <- doCRMAv1(csR, drop=FALSE, verbose=verbose)
print(res)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Scale normalization test
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
ces <- res$ces
sn <- ScaleNormalization3(ces)
print(sn)

cesN <- process(sn, verbose=verbose)
print(cesN)