cmp.categories: Построение графика сравнения категорий категориального...

In Madraso/statstestplot: Библиотека автоматического построения графиков для статистического анализа данных

Description

Имеется выборка из N пациентов, разделенных на 2 или более группы, и каждому пациенту соответствует какая-либо категория признака.

Usage

cmp.categories(data, group_id, group_labels, column_cat, path_pics_out,
  pic_name, p_display = "all", p_adjust_method = "BH")

Arguments

data	Датафрейм с данными (Пример: statstestplot::categories)
group_id	Число, являющееся номером столбца с группами пациентов
group_labels	Строковый вектор, cодержащий имена групп. Эти имена будут сопоставлены в легенде графика
column_cat	Число, являющееся номером столбца с категориями
path_pics_out	Строка, содержащая путь, по которому будет сохранен файл с графиком
pic_name	Строка, содержащая имя сохраняемого файла
p_display	Решает, какие парные p-значения отображать. Возможные значения: "s" (значимые [p <= 0.05]), "ns" (незначимые [p > 0.05]), "all" (все значения). (По умолчанию: "all").
p_adjust_method	Решает, каким методом будут отрегулированы p-значения. Возможные значения: "holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr", "none". (По умолчанию: "BH").

Details

На графике каждая категория - это набор столбцов, их количество равно количеству групп пациентов. Над столбцами отображается информация о количестве в группе пациентов, принадлежащих данной категории, а также процент этих людей от всех пациентов в группе. Для столбцов в виде стрелки отображается диапазон, в котором с вероятностью 95% находится "истинный" процент пациентов, называемый доверительным интервалом. Для всевозможных пар групп отображается p-значение, которое используется для их сравнения.

Value

Объект класса ggplot2

Examples

#Подключим библиотеку и загрузим датафрейм с категориями
library(statstestplot)
data(categories)

#Распечатаем его
print(categories)

#Построим график с параметрами по умолчанию
group_id <- 1
group_labels <- c("A", "B", "C")
column_cat <- 2
picture_name <- "Категории_по_умолчанию"
picture_path <- paste0(getwd(), "/")
cmp.categories(categories, group_id, group_labels, column_cat,
    picture_path, picture_name)

#Построим график, отобразив только незначимые p и отрегулировав их методом поправки Бонферрони
group_id <- 1
group_labels <- c("A", "B", "C")
column_cat <- 2
p_display <- "ns"
p_adjust_method <- "bonferroni"
picture_name <- "Категории_незначимые_p_метод_Бонферрони"
picture_path <- paste0(getwd(), "/")
cmp.categories(categories, group_id, group_labels,
    column_cat, picture_path, picture_name, p_display, p_adjust_method)

Madraso/statstestplot documentation built on June 25, 2019, 12:05 a.m.