In RedTent/krw: KRW-toetsing

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>",
  fig.path = "man/figures/README-",
  out.width = "100%"
)

Package krw

Het doel van het package krw is om KRW-toetsingen uit te kunnen voeren in R. Het package is te installeren vanaf GitHub met:

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("RedTent/krw")

Op dit moment zijn de volgende soortgroepen geimplementeerd.

Macrofauna
- m.u.v R8 en K- en O-typen
Macrofyten
- Soortensamenstelling

Macrofauna

Dit is een simpel voorbeeld van de KRW-toetsing van macrofauna.

Eerst maken we twee eenvoudige datasets.

library(krw)

dataset1 <- 
  tibble::tribble(
    ~meetpunt, ~krwwatertype.code,              ~taxon, ~aantal,
          "A",              "M27", "Asellus aquaticus",     100,
          "A",              "M27",      "Baetis niger",      20,
          "A",              "M27",    "Caenis horaria",      40,
    )

dataset2 <- 
  tibble::tribble(
     ~meetpunt, ~jaar, ~krwwatertype.code,              ~taxon, ~aantal,
           "A",  2018,              "M1a", "Asellus aquaticus",     100,
           "A",  2018,              "M1a",      "Baetis niger",      20,
           "B",  2018,               "R6", "Asellus aquaticus",     100,
           "B",  2018,               "R6",      "Baetis niger",      20,
           "B",  2019,               "R6", "Asellus aquaticus",     150,
           "B",  2019,               "R6",      "Baetis niger",      35
     )

Toetsing van een enkel monster

De toetsing van een enkel monster kan eenvoudig worden uitgevoerd met de functie krw_mafa_ekr(). De omrekening van aantallen naar abundanties wordt automatisch door de functie gedaan.

krw_mafa_ekr(dataset1, 
             biotaxon.naam = taxon, 
             krwwatertype.code = krwwatertype.code, 
             waarde = aantal,
             verbose = FALSE)

# Alternatieve notatie
# 
# krw:::krw_mafa_ekr(dataset1, 
#                    biotaxon.naam = "taxon", 
#                    krwwatertype.code = "krwwatertype.code", 
#                    waarde = "aantal")
# 
# Meer detail informatie kan worden verkregen met de optie `verbose = TRUE`

Toetsing van meerdere monsters

Meerdere monsters kunnen met tegelijk met dezelfde functie worden getoetst. Het is hiervoor wel noodzakelijk dat het dataframe met de dataset wordt gegroepeerd per monster met de functie group_by uit de package dplyr.

library(dplyr)

dataset2 %>% 
  dplyr::group_by(meetpunt, jaar) %>% 
  krw_mafa_ekr(biotaxon.naam = taxon, 
               krwwatertype.code = krwwatertype.code, 
               waarde = aantal)

Macrofyten - soortensamenstelling

De toetsing voor de macrofytensoortensamenstelling is zeer vergelijkbaar met de macrofaunatoetsing. Het is mogelijk om meerdere monsters tegelijk te toetsen door met de functie dplyr::group_by van elk monster een groep te maken.

Eerst maken we weer een testdata set.

mafy_data <- tibble::tribble(
    ~mp, ~jaar, ~watertype,             ~taxon,     ~waarde,
    "A",  2018,      "M27",   "Acorus calamus",           1,
    "A",  2018,      "M27",    "Berula erecta",           1,
    "A",  2018,      "M27",   "Chara vulgaris",          10,
    "A",  2018,      "M27", "Elodea nuttallii",          30,
    "A",  2019,      "M27",   "Acorus calamus",           1,
    "A",  2019,      "M27",    "Berula erecta",           1,
    "A",  2019,      "M27",   "Chara vulgaris",          30,
    "A",  2019,      "M27", "Elodea nuttallii",          10,
    "B",  2018,      "M10",   "Acorus calamus",           1,
    "B",  2018,      "M10",    "Berula erecta",           1,
    "B",  2018,      "M10",   "Chara vulgaris",          10,
    "B",  2018,      "M10", "Elodea nuttallii",          30,
    "B",  2019,      "M10",   "Acorus calamus",           1,
    "B",  2019,      "M10",    "Berula erecta",           1,
    "B",  2019,      "M10",   "Chara vulgaris",          30,
    "B",  2019,      "M10", "Elodea nuttallii",          10
)

Voor macrofyten moet de bedekking eerst omgerekend worden naar een abundantieklasse. Voor de macrofyten gebeurt dit met de functie add_abundantieklasse(). Deze functie rekent zowel percentages (type = "percentage") als klassen (1 t/m 9 type = "klasse") om.

Voor de kunstmatige wateren worden ook de onderliggende EKR's voor hydrofyten en helofyten weergegeven.

library(dplyr)

mafy_met_abundantie <- mafy_data %>% 
  add_abundantieklasse(bedekking = waarde, type = "percentage")
head(mafy_met_abundantie)

mafy_met_abundantie %>% 
  dplyr::group_by(mp, jaar) %>% 
  krw_mafy_ekr_ss(krwwatertype.code = watertype, 
                  biotaxon.naam = taxon, 
                  abundantieklasse = abundantieklasse,
                  verbose = FALSE)