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In Roestlab/DIAlignR: Dynamic Programming Based Alignment of MS2 Chromatograms

@subpage Matrices

@section Matrices_section1 Overlap Alignment

Matrices will have following scores after @ref subsection3. M | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | --|--|--|--|--|--|--- 0 | 0 | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | 1 | -\f$\infty\f$ | 10 | -2 | -2 | -2 | -2 | 2 | -\f$\infty\f$ | -2 | 20 | -4 | -4 | -4 | 3 | -\f$\infty\f$ | -2 | -4 | 18 | 8 | -6 |

A | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | --|--|--|--|--|--|---| 0 | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | 1 | 0 | -22 | -22 | -22 | -22 | -22 | 2 | 0 | -12 | -24 | -24 | -24 | -24 | 3 | 0 | -19 | -2 | -24 | -26 | -26 |

B | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | --|--|--|--|--|--|---| 0 | -\f$\infty\f$ | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | -\f$\infty\f$ | -22 | -12 | -19 | -24 | -24 | 2 | -\f$\infty\f$ | -22 | -24 | -2 | -9 | -16 | 3 | -\f$\infty\f$ | -2 | -24 | -24 | -4 | -11 |

@section Matrices_section2 Non-Overlap Alignment

Matrices will have following scores after @ref subsection3. M | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | --|--|--|--|--|--|--- 0 | 0 | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | 1 | -\f$\infty\f$ | 10 | -24 | -31 | -38 | -45 | 2 | -\f$\infty\f$ | -24 | 20 | -14 | -21 | -28 | 3 | -\f$\infty\f$ | -31 | -14 | 18 | 8 | -11 |

A | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | --|--|--|--|--|--|---| 0 | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | -\f$\infty\f$ | 1 | -22 | -44 | -51 | -58 | -65 | -72 | 2 | -29 | -12 | -34 | -41 | -48 | -55 | 3 | -36 | -19 | -2 | -24 | -31 | -38 |

B | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | --|--|--|--|--|--|---| 0 | -\f$\infty\f$ | -22 | -29 | -36 | -43 | -50 | 1 | -\f$\infty\f$ | -44 | -12 | -19 | -26 | -33 | 2 | -\f$\infty\f$ | -51 | -34 | -2 | -9 | -16 | 3 | -\f$\infty\f$ | -58 | -41 | -24 | -4 | -11 |

Roestlab/DIAlignR documentation built on March 3, 2021, 9:09 a.m.