R/fibdl_listflor_EQR.R

In SebastienBoutry/IBDL: Outil de calcul l'Indice Biologique Diatomées en Lac

#' Transformation en EQR au niveau du prélèvement
#'
#' @param data tableau de sortie de la fonction fibdl_listflor_metrics()
#' @param add_information_station tableau d'entrée renseignant sur les la nature du substrat et la classe d'alcalinité du plan d'eau échantillonné.
#'
#' @return
#' @export
#'
#' @examples

fibdl_listflor_EQR<- function(data,add_information_station){
  ###
  data <- data %>%
    dplyr::left_join(add_information_station,
              by="id_prelevement") %>%
    dplyr::left_join(lake_infos,
              by="code_pe")
  ###
  table_listflor_EQR <- data %>%
    dplyr::filter(!is.na(classi_alc)) %>%
    tidyr::unite("join",c("metrics","classi_alc","nature_substrat"),sep="_",remove=FALSE) %>%
    dplyr::left_join(SES_ref_type,by="join") %>%
    dplyr::mutate(SES=(value-Mtype)/SDtype) %>%
    dplyr::ungroup() %>%
    dplyr::mutate(SESnor=dplyr::case_when(metrics=="DBO5"~ (SES-(-4.248347))/(0.9-(-4.248347)),
                            metrics=="MES" ~ (SES-(-4.158029))/(1.00-(-4.158029)),
                            metrics=="NKJ" ~ (SES-(-4.804299))/(1.00-(-4.804299)),
                            metrics=="Ptot" ~ (SES-(-3.559219))/(1.173913-(-3.559219))
    )
    ) %>%
    dplyr::ungroup() %>%
    dplyr::mutate(EQR=dplyr::case_when(metrics=="DBO5"~SESnor/0.9358017,
                         metrics=="MES"~SESnor/0.9081657,
                         metrics=="NKJ"~SESnor/0.9138570,
                         metrics=="Ptot"~SESnor/0.8880905
    )
    ) %>%
    dplyr::select(-join,-Mtype,-SDtype)
  ##
  return(table_listflor_EQR)
}