#' Calcul.mat_branche
#'
#' @return
#' @export
#'
#' @examples
calcul.mat_branche<-function(ww = "dat", papa)
{
par(mfrow=c(1,1))
liste.profils <- objects(pattern = ww ,pos=1)
matrix.resultats <- NULL #matrice des resultats
vec <- NULL #vecteur forme a chaque boucle : donnees par cerne
pas <- papa
for (i in 1:length(liste.profils))
{
#DEPART!
print(i)
nom<-liste.profils[i]
print(nom)
x <- get(nom, pos = 1) #profil
rayon <- x$rayon
millesime <- max(as.numeric(x$millesimes)) #millesime VERIFIER
lim.cernes <- x$lim.cernes #limites de cerne
lim.bibf1 <- x$lim.bibf #decoupe selon la limite BI-BF Nancy
plot(x$profil,pch=".")
abline(v=lim.cernes)
abline(v=lim.bibf1)
text(lim.cernes-(c(lim.cernes,NA)-c(0,lim.cernes))/2,max(x$profil),as.character(x$millesimes),cex=0.7)
nn <- length(lim.cernes)
num.cernes<-1:nn
text(lim.cernes-(c(lim.cernes,NA)-c(0,lim.cernes))/2,0.9*max(x$profil),as.character(num.cernes),cex=0.8)
#readline()
mm <- length(lim.bibf1)
profil <- x$profil
#boucle "cerne par cerne dans l'arbre"
toutes.lim.cernes<-c(1,lim.cernes)
for (j in num.cernes)
{
lim1 <- toutes.lim.cernes[j]
lim2 <- toutes.lim.cernes[j + 1]
l.bibf1 <- lim.bibf1[j]
Lo <- round((length(profil[lim1:lim2])) * pas, 4) #largeur de cerne en mm
Li <- round((length(profil[lim1:l.bibf1])) * pas, 4) #largeur du bi en mm type Nancy
Lf <- round(Lo - Li, 4) #largeur du bf en mm
Do <- round(mean((profil[lim1:lim2]), na.rm = T), 3) #densite moyenne de cerne
Di <- round(mean((profil[lim1:l.bibf1]), na.rm = T), 3) #densite moyenne bi type Nancy
Df <- round(mean((profil[l.bibf1:lim2]), na.rm = T), 3) #densite moyenne bf
Mi <- round(min((profil[lim1:lim2]), na.rm = T), 3) #densite min cerne
Ma <- round(max((profil[lim1:lim2]), na.rm = T), 3) #densite max cerne
profil.sans.NA <- profil[lim1:lim2][!is.na(profil[lim1:lim2])]
Eo <- round(sqrt(var(profil.sans.NA)), 3) #?cart type de densit? intra-cerne
Ei <- round(sqrt(var(profil[lim1:l.bibf1])), 3) #?cart type de densit? intra-bi
Ef <- round(sqrt(var(profil[l.bibf1:lim2])), 3) #?cart type de densit? intra-bf
Co <- Ma - Mi # contraste de densit? intra-cerne
annee <- x$millesimes[j] #annee du cerne
#prov<-pac[i,"prov"]
vec <- c( substring(liste.profils[i],6,11 ), rayon , annee, j, Lo, Li, Lf, Do, Di, Df, Mi, Ma, Eo, Ei, Ef, Co) #cas particulier ?
#ADAPTER le substring !
matrix.resultats <- rbind(matrix.resultats, vec)
dimnames(matrix.resultats) <- list(NULL, c("code","rayon", "ye","ce", "Lo", "Li", "Lf", "Do", "Di", "Df", "Mi", "Ma", "Eo", "Ei", "Ef", "Co"))
#sauvegarde
assign("matmdm_B", matrix.resultats, pos = 1, immediate = T)
}
}
}
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