### R code from vignette source 'xcmsMSn.Rnw'
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### code chunk number 1: LibraryPreload
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library(xcms)
library(msdata)
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### code chunk number 2: RawFiles
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mzdatapath <- system.file("iontrap", package = "msdata")
list.files(mzdatapath, recursive = TRUE)
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### code chunk number 3: FileIO
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library(xcms)
mzdatafiles <- list.files(mzdatapath, pattern="extracted.mzData", recursive = TRUE, full.names = TRUE)
xraw <- xcmsRaw(mzdatafiles[1], includeMSn=TRUE)
xraw
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### code chunk number 4: SpectraSelection
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peaks <- findPeaks(xraw, method="MS1")
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### code chunk number 5: SpectraSelection
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xs <- xcmsSet(mzdatafiles, method="MS1")
xfrag <- xcmsFragments(xs)
xfrag
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### code chunk number 6: TreePlot
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plotTree(xfrag,xcmsFragmentPeakID=6)
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### code chunk number 7: TextTree
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plotTree(xfrag,xcmsFragmentPeakID=6, textOnly=TRUE)
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