R/seq_process.r

In carjed/smaug: Helper functions for the SMAUG pipeline

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# Function to get reverse complement
#' @export
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revcomp <- function(DNAstr) {
	step1 <- chartr("ACGT","TGCA",DNAstr)
	step2 <- unlist(strsplit(step1, split=""))
	step3 <- rev(step2)
	step4 <- paste(step3, collapse="")
	return(step4)
}

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# Function to reverse sequence--used to correctly plot right flank in
# subsequence heatmaps
#' @export
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reverse_chars <- function(string){
	string_split = strsplit(as.character(string), split = "")
	reversed_split = string_split[[1]][nchar(string):1]
	paste(reversed_split, collapse="")
}