In carlosvergara/fisabioR: Funciones del Área de Desigualdades de FISABIO

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library(knitr)
options(
  formatR.arrow     = T,
  width             = 80,
  tikzDefaultEngine = "xetex"
)
opts_chunk$set(
  tidy       = T,
  prompt     = F,
  fig.path   = "figuras/fig_",
  dev        = "tikz",
  cache.path = "cache/chunk_",
  fig.align  = "center",
  fig.show   = "hold",
  fig.pos    = "h",
  fig.width  = 10,
  fig.height = 5,
  cache      = T,
  par        = T,
  comment    = "#",
  size       = "scriptsize",
  warning    = F,
  message    = F
)
options(tikzMetricsDictionary = paste0(dirname(current_input(T)), "/figuras/tikzMetrics"))
knit_hooks$set(crop = hook_pdfcrop)
opts_knit$set(root.dir = paste0(dirname(current_input(T)), "/../../"),
              base.dir = dirname(current_input(T)))
source("../../configuracion/config.R")
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Empezamos

Sobre esta plantilla

Esta es la plantilla base para la elaboración de presentaciones estadísticas en FISABIO. Todo lo que ves aquí es editable:

• bien sea de forma local (cargando paquetes de \LaTeX adicionales, cambiando la configuración de la página, o lo que se te pueda ocurrir para mejorar tu documento),
• o bien de forma genérica (lo que implica modificar no solo esta plantilla, sino también compartir tus sugerencias a través de nuestra cuenta de GitHub. \bigskip \begin{center}\href{http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/}{\ccby}\end{center}

Manejo de la plantilla

Complicidad con knitr y rmarkdown

Como siempre, la plantilla está en formato .Rmd, de forma que resulta extremadamente fácil generar una presentación con tablas, figuras o código de R. Por ejemplo:

source("configuracion/config.R")
library(sp)
library(RColorBrewer)
data("aragon_iam")
opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1))
paleta <- brewer.pal(6, "OrRd")
plot(aragon_iam,
  col = paleta[findInterval(with(aragon_iam@data, observada / esperada),
               c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10))])
legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"),
       title = "RME", fill = paleta, bty = "n")
par(opar)

Imágenes nativas

Las figuras pueden proceder de la ejecución de código incrustado en el documento, como en el caso de la diapo anterior:

source("configuracion/config.R")
library(sp)
library(RColorBrewer)
data("aragon_iam")
opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1))
paleta <- brewer.pal(6, "OrRd")
plot(aragon_iam,
  col = paleta[
    findInterval(
    with(aragon_iam@data, observada / esperada),
    c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10)
    )
    ])
legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"),
       title = "RME", fill = paleta, bty = "n")
par(opar)

Imágenes foráneas

Para cargar imágenes que no procedan del código incrustado en el propio documento lo mejor es utilizar la función knitr::include_graphics("ruta/a/la/imagen") en un chunk de código estándar:

knitr::include_graphics(path = "figuras/logo-ccby.png")

Tablas con kable

Si buscas un arreglo rápido de tabla, prueba a utilizar la función knitr::kable():

kable(aragon_iam@data[1:3, 3:7], digits = 2, align = rep("c", 7),
      caption = "Esto es una Tabla...", format = "latex", row.names = F,
      booktabs = TRUE)

Tablas con xtable

Si buscas un arreglo más fino de la tabla, puedes emplear el paquete xtable.

library(xtable)
mi_tab <- xtable(aragon_iam@data[1:3, 3:7], caption = "Esto es una Tabla...",
                 label = "tab:xtable", auto = TRUE)
print(mi_tab, include.rownames = F, table.placement = "H", booktabs = TRUE,
      caption.placement = "top", scalebox = 0.8, comment = F)

Citas textuales

En el documento se pueden insertar citas textuales de más de unas pocas palabras (normalmente el límite se marca en 80 caracteres, aunque puede variar). P. ej.,:

Como dijo Jacinto el de mi pueblo

Yo digo muchas cosas, pero no sé de la misa la mitad... --- Jacinto (el "miracielos")

Citas y referencias bibliográficas

Las referencias se generan directamente con Pandoc, siendo muy fácil introducirlas. Las referencias se añaden al final de forma automática. P. ej.: [@Wickham2015; @Fawcett2006; @Gelman2014; @Bivand2013; @Blangiardo2015].

carlosvergara/fisabioR documentation built on May 13, 2019, 12:49 p.m.