########################################################### ## NO BORRAR ESTA SECCIÓN ## ########################################################### library(knitr) options( formatR.arrow = T, width = 80, tikzDefaultEngine = "xetex" ) opts_chunk$set( tidy = T, prompt = F, fig.path = "figuras/fig_", dev = "tikz", cache.path = "cache/chunk_", fig.align = "center", fig.show = "hold", fig.pos = "h", fig.width = 10, fig.height = 5, cache = T, par = T, comment = "#", size = "scriptsize", warning = F, message = F ) options(tikzMetricsDictionary = paste0(dirname(current_input(T)), "/figuras/tikzMetrics")) knit_hooks$set(crop = hook_pdfcrop) opts_knit$set(root.dir = paste0(dirname(current_input(T)), "/../../"), base.dir = dirname(current_input(T))) source("../../configuracion/config.R") ########################################################### ## DESDE AQUÍ YA PUEDES BORRAR ## ###########################################################
Esta es la plantilla base para la elaboración de presentaciones estadísticas en FISABIO. Todo lo que ves aquí es editable:
knitr
y rmarkdown
Como siempre, la plantilla está en formato .Rmd
, de forma que resulta extremadamente fácil generar una presentación con tablas, figuras o código de R
. Por ejemplo:
source("configuracion/config.R") library(sp) library(RColorBrewer) data("aragon_iam") opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1)) paleta <- brewer.pal(6, "OrRd") plot(aragon_iam, col = paleta[findInterval(with(aragon_iam@data, observada / esperada), c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10))]) legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"), title = "RME", fill = paleta, bty = "n") par(opar)
Las figuras pueden proceder de la ejecución de código incrustado en el documento, como en el caso de la diapo anterior:
source("configuracion/config.R") library(sp) library(RColorBrewer) data("aragon_iam") opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1)) paleta <- brewer.pal(6, "OrRd") plot(aragon_iam, col = paleta[ findInterval( with(aragon_iam@data, observada / esperada), c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10) ) ]) legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"), title = "RME", fill = paleta, bty = "n") par(opar)
Para cargar imágenes que no procedan del código incrustado en el propio documento lo mejor es utilizar la función knitr::include_graphics("ruta/a/la/imagen")
en un chunk de código estándar:
knitr::include_graphics(path = "figuras/logo-ccby.png")
kable
Si buscas un arreglo rápido de tabla, prueba a utilizar la función knitr::kable()
:
kable(aragon_iam@data[1:3, 3:7], digits = 2, align = rep("c", 7), caption = "Esto es una Tabla...", format = "latex", row.names = F, booktabs = TRUE)
xtable
Si buscas un arreglo más fino de la tabla, puedes emplear el paquete xtable
.
library(xtable) mi_tab <- xtable(aragon_iam@data[1:3, 3:7], caption = "Esto es una Tabla...", label = "tab:xtable", auto = TRUE) print(mi_tab, include.rownames = F, table.placement = "H", booktabs = TRUE, caption.placement = "top", scalebox = 0.8, comment = F)
En el documento se pueden insertar citas textuales de más de unas pocas palabras (normalmente el límite se marca en 80 caracteres, aunque puede variar). P. ej.,:
Como dijo Jacinto el de mi pueblo
Yo digo muchas cosas, pero no sé de la misa la mitad... --- Jacinto (el "miracielos")
Las referencias se generan directamente con Pandoc, siendo muy fácil introducirlas. Las referencias se añaden al final de forma automática. P. ej.: [@Wickham2015; @Fawcett2006; @Gelman2014; @Bivand2013; @Blangiardo2015].
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.