#' Médias e ICs das probabilidades de notificação cumulativa a cada dia
#' @param NobBS.output objeto retornado pela função NobBS do pacote de
#' mesmo nome Este argumento é ignorado se o argumento
#' NobBS.params.post é usado
#' @param NobBS.params.post data frame com as distribuicoes
#' posteriores dos parâmetros estimados pela função NobBS. Está
#' contido na lista que é retornada pela função
#' @param samples Número de samples a ser considerado
#' @return data frame com média e quantis 2.5% e 97.5% das
#' distribuições a posteriori dos parâmetros de atraso de
#' notificação pelo método de nowcasting da função NobBS. Os
#' valores estão convertidos para escala de probabilidade são cumulativos, e
#' portanto podem ser interpretados como a probabilidade cumulativa de casos
#' ser notificados D dias após o dias o primeiro sintoma, sendo que
#' vai de zero ao máximo definido pelos argumentos do nowcasting
#' @export
beta.cumsum <- function(NobBS.output, NobBS.params.post, samples){
if(missing(NobBS.params.post))
df <- NobBS.output$params.post
else
df <- NobBS.params.post
df1 <- df[, names(df)[grepl("Beta",names(df))]]
if (samples > nrow(df1))
stop(paste("samples deve ter tamanho menor ou igual a", nrow(df1)))
else
df2<-df1[sample(nrow(df1), samples), ]
df2<-exp(df2)
df3<-t(apply(df2, 1, cumsum))
data.frame(atraso = as.integer(substr(colnames(df3), 6, 8)),
mean = apply(df3, 2, mean),
lower = apply(df3, 2, quantile, 0.025),
upper = apply(df3, 2, quantile, 0.975),
row.names = names(df3))
}
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