comorbidity: Computing Comorbidity Scores

# Empty list
.maps <- list()

# Charlson score, ICD9
.tmpn <- "charlson_icd9_quan"
.maps[[.tmpn]] <- list()
.maps[[.tmpn]][["mi"]] <- c("410", "412")
.maps[[.tmpn]][["chf"]] <- c("39891", "40201", "40211", "40291", "40401", "40403", "40411", "40413", "40491", "40493", "4254", "4255", "4256", "4257", "4258", "4259", "428")
.maps[[.tmpn]][["pvd"]] <- c("0930", "4373", "440", "441", "4431", "4432", "4433", "4434", "4435", "4436", "4437", "4438", "4439", "4471", "5571", "5579", "V434")
.maps[[.tmpn]][["cevd"]] <- c("36234", "430", "431", "432", "433", "434", "435", "436", "437", "438")
.maps[[.tmpn]][["dementia"]] <- c("290", "2941", "3312")
.maps[[.tmpn]][["cpd"]] <- c("4168", "4169", "490", "491", "492", "493", "494", "495", "496", "497", "498", "499", "500", "501", "502", "503", "504", "505", "5064", "5081", "5088")
.maps[[.tmpn]][["rheumd"]] <- c("4465", "7100", "7101", "7102", "7103", "7104", "7140", "7141", "7142", "7148", "725")
.maps[[.tmpn]][["pud"]] <- c("531", "532", "533", "534")
.maps[[.tmpn]][["mld"]] <- c("07022", "07023", "07032", "07033", "07044", "07054", "0706", "0709", "570", "571", "5733", "5734", "5738", "5739", "V427")
.maps[[.tmpn]][["diab"]] <- c("2500", "2501", "2502", "2503", "2508", "2509")
.maps[[.tmpn]][["diabwc"]] <- c("2504", "2505", "2506", "2507")
.maps[[.tmpn]][["hp"]] <- c("3341", "342", "343", "3440", "3441", "3442", "3443", "3444", "3445", "3446", "3449")
.maps[[.tmpn]][["rend"]] <- c("40301", "40311", "40391", "40402", "40403", "40412", "40413", "40492", "40493", "582", "5830", "5831", "5832", "5833", "5834", "5835", "5836", "5837", "585", "586", "5880", "V420", "V451", "V56")
.maps[[.tmpn]][["canc"]] <- c("140", "141", "142", "143", "144", "145", "146", "147", "148", "149", "150", "151", "152", "153", "154", "155", "156", "157", "158", "159", "160", "161", "162", "163", "164", "165", "166", "167", "168", "169", "170", "171", "172", "174", "175", "176", "177", "178", "179", "180", "181", "182", "183", "184", "185", "186", "187", "188", "189", "190", "191", "192", "193", "194", "195", "200", "201", "202", "203", "204", "205", "206", "207", "208", "2386")
.maps[[.tmpn]][["msld"]] <- c("4560", "4561", "4562", "5722", "5723", "5724", "5725", "5726", "5727", "5728")
.maps[[.tmpn]][["metacanc"]] <- c("196", "197", "198", "199")
.maps[[.tmpn]][["aids"]] <- c("042", "043", "044")

# Charlson score, ICD10
.tmpn <- "charlson_icd10_quan"
.maps[[.tmpn]] <- list()
.maps[[.tmpn]][["mi"]] <- c("I21", "I22", "I252")
.maps[[.tmpn]][["chf"]] <- c("I099", "I110", "I130", "I132", "I255", "I420", "I425", "I426", "I427", "I428", "I429", "I43", "I50", "P290")
.maps[[.tmpn]][["pvd"]] <- c("I70", "I71", "I731", "I738", "I739", "I771", "I790", "I792", "K551", "K558", "K559", "Z958", "Z959")
.maps[[.tmpn]][["cevd"]] <- c("G45", "G46", "H340", "I60", "I61", "I62", "I63", "I64", "I65", "I66", "I67", "I68", "I69")
.maps[[.tmpn]][["dementia"]] <- c("F00", "F01", "F02", "F03", "F051", "G30", "G311")
.maps[[.tmpn]][["cpd"]] <- c("I278", "I279", "J40", "J41", "J42", "J43", "J44", "J45", "J46", "J47", "J60", "J61", "J62", "J63", "J64", "J65", "J66", "J67", "J684", "J701", "J703")
.maps[[.tmpn]][["rheumd"]] <- c("M05", "M06", "M315", "M32", "M33", "M34", "M351", "M353", "M360")
.maps[[.tmpn]][["pud"]] <- c("K25", "K26", "K27", "K28")
.maps[[.tmpn]][["mld"]] <- c("B18", "K700", "K701", "K702", "K703", "K709", "K713", "K714", "K715", "K717", "K73", "K74", "K760", "K762", "K763", "K764", "K768", "K769", "Z944")
.maps[[.tmpn]][["diab"]] <- c("E100", "E101", "E106", "E108", "E109", "E110", "E111", "E116", "E118", "E119", "E120", "E121", "E126", "E128", "E129", "E130", "E131", "E136", "E138", "E139", "E140", "E141", "E146", "E148", "E149")
.maps[[.tmpn]][["diabwc"]] <- c("E102", "E103", "E104", "E105", "E107", "E112", "E113", "E114", "E115", "E117", "E122", "E123", "E124", "E125", "E127", "E132", "E133", "E134", "E135", "E137", "E142", "E143", "E144", "E145", "E147")
.maps[[.tmpn]][["hp"]] <- c("G041", "G114", "G801", "G802", "G81", "G82", "G830", "G831", "G832", "G833", "G834", "G839")
.maps[[.tmpn]][["rend"]] <- c("I120", "I131", "N032", "N033", "N034", "N035", "N036", "N037", "N052", "N053", "N054", "N055", "N056", "N057", "N18", "N19", "N250", "Z490", "Z491", "Z492", "Z940", "Z992")
.maps[[.tmpn]][["canc"]] <- c("C00", "C01", "C02", "C03", "C04", "C05", "C06", "C07", "C08", "C09", "C10", "C11", "C12", "C13", "C14", "C15", "C16", "C17", "C18", "C19", "C20", "C21", "C22", "C23", "C24", "C25", "C26", "C30", "C31", "C32", "C33", "C34", "C37", "C38", "C39", "C40", "C41", "C43", "C45", "C46", "C47", "C48", "C49", "C50", "C51", "C52", "C53", "C54", "C55", "C56", "C57", "C58", "C60", "C61", "C62", "C63", "C64", "C65", "C66", "C67", "C68", "C69", "C70", "C71", "C72", "C73", "C74", "C75", "C76", "C81", "C82", "C83", "C84", "C85", "C88", "C90", "C91", "C92", "C93", "C94", "C95", "C96", "C97")
.maps[[.tmpn]][["msld"]] <- c("I850", "I859", "I864", "I982", "K704", "K711", "K721", "K729", "K765", "K766", "K767")
.maps[[.tmpn]][["metacanc"]] <- c("C77", "C78", "C79", "C80")
.maps[[.tmpn]][["aids"]] <- c("B20", "B21", "B22", "B24")

# Charlson score, ICD10, Swedish version
.tmpn <- "charlson_icd10_se"
.maps[[.tmpn]] <- list()
.maps[[.tmpn]][["mi"]] <- c("I21", "I22", "I252")
.maps[[.tmpn]][["chf"]] <- c("I110", "I130", "I132", "I255", "I420", "I426", "I427", "I428", "I429", "I43", "I50")
.maps[[.tmpn]][["pvd"]] <- c("I70", "I71", "I731", "I738", "I771", "I790", "I792", "K55")
.maps[[.tmpn]][["cevd"]] <- c("G45", "I60", "I61", "I62", "I63", "I64", "I67", "I69")
.maps[[.tmpn]][["dementia"]] <- c("F00", "F01", "F02", "F03", "F051", "G30", "G311", "G319")
.maps[[.tmpn]][["cpd"]] <- c("J43", "J44", "J41", "J42", "J45", "J46", "J47", "J60", "J61", "J62", "J63", "J64", "J65", "J66", "J67", "J68", "J69", "J70")
.maps[[.tmpn]][["rheumd"]] <- c("M05", "M06", "M123", "M070", "M071", "M072", "M073", "M08", "M13", "M30", "M313", "M314", "M315", "M316", "M32", "M33", "M34", "M350", "M351", "M353", "M45", "M46")
.maps[[.tmpn]][["pud"]] <- c("K25", "K26", "K27", "K28")
.maps[[.tmpn]][["mld"]] <- c("B15", "B16", "B17", "B18", "B19", "K703", "K73", "K746", "K703", "K754")
.maps[[.tmpn]][["diab"]] <- c("E100", "E101", "E110", "E111", "E120", "E121", "E130", "E131", "E140", "E141")
.maps[[.tmpn]][["diabwc"]] <- c("E102", "E103", "E104", "E105", "E107", "E112", "E113", "E114", "E115", "E116", "E117", "E122", "E123", "E124", "E125", "E126", "E127", "E132", "E133", "E134", "E135", "E136", "E137", "E142", "E143", "E144", "E145", "E146", "E147")
.maps[[.tmpn]][["hp"]] <- c("G114", "G80", "G81", "G82", "G830", "G831", "G832", "G833", "G838")
.maps[[.tmpn]][["rend"]] <- c("N032", "N033", "N034", "N035", "N036", "N037", "N052", "N053", "N054", "N055", "N056", "N057", "N11", "N18", "N19", "N250", "I120", "I131", "Q611", "Q612", "Q613", "Q614", "Z49", "Z940", "Z992")
.maps[[.tmpn]][["canc"]] <- c("C00", "C01", "C02", "C03", "C04", "C05", "C06", "C07", "C08", "C09", "C10", "C11", "C12", "C13", "C14", "C15", "C16", "C17", "C18", "C19", "C20", "C21", "C22", "C23", "C24", "C25", "C26", "C30", "C31", "C32", "C33", "C34", "C37", "C38", "C39", "C40", "C41", "C43", "C45", "C46", "C47", "C48", "C49", "C50", "C51", "C52", "C53", "C54", "C55", "C56", "C57", "C58", "C60", "C61", "C62", "C63", "C64", "C65", "C66", "C67", "C68", "C69", "C70", "C71", "C72", "C73", "C74", "C75", "C76", "C81", "C82", "C83", "C84", "C85", "C86", "C88", "C90", "C91", "C92", "C93", "C94", "C95", "C96", "C97")
.maps[[.tmpn]][["msld"]] <- c("R18", "I850", "I859", "I982", "I983")
.maps[[.tmpn]][["metacanc"]] <- c("C77", "C78", "C79", "C80")
.maps[[.tmpn]][["aids"]] <- c("B20", "B21", "B22", "B24", "F024", "O987", "R75", "Z114", "Z219", "Z711")

# Charlson score, ICD10, Australian version
.tmpn <- "charlson_icd10_am"
.maps[[.tmpn]] <- list()
.maps[[.tmpn]][["mi"]] <- c("I21", "I22", "I252")
.maps[[.tmpn]][["chf"]] <- c("I50")
.maps[[.tmpn]][["pvd"]] <- c("I71", "I790", "I739", "R02", "Z958", "Z959")
.maps[[.tmpn]][["cevd"]] <- c("I60", "I61", "I62", "I63", "I65", "I66", "G450", "G451", "G452", "G458", "G459", "G46", "I64", "G454", "I670", "I671", "I672", "I674", "I675", "I676", "I677", "I678", "I679", "I681", "I682", "I688", "I69")
.maps[[.tmpn]][["dementia"]] <- c("F00", "F01", "F02", "F051")
.maps[[.tmpn]][["cpd"]] <- c("J40", "J41", "J42", "J44", "J43", "J45", "J46", "J47", "J67", "J44", "J60", "J61", "J62", "J63", "J66", "J64", "J65")
.maps[[.tmpn]][["rheumd"]] <- c("M32", "M34", "M332", "M053", "M058", "M059", "M060", "M063", "M069", "M050", "M052", "M051", "M353")
.maps[[.tmpn]][["pud"]] <- c("K25", "K26", "K27", "K28")
.maps[[.tmpn]][["mld"]] <- c("K702", "K703", "K73", "K717", "K740", "K742", "K746", "K743", "K744", "K745")
.maps[[.tmpn]][["diab"]] <- c("E109", "E119", "E139", "E149", "E101", "E111", "E131", "E141", "E105", "E115", "E135", "E145")
.maps[[.tmpn]][["diabwc"]] <- c("E102", "E112", "E132", "E142", "E103", "E113", "E133", "E143", "E104", "E114", "E134", "E144")
.maps[[.tmpn]][["hp"]] <- c("G81", "G041", "G820", "G821", "G822")
.maps[[.tmpn]][["rend"]] <- c("N03", "N052", "N053", "N054", "N055", "N056", "N072", "N073", "N074", "N01", "N18", "N19", "N25")
.maps[[.tmpn]][["canc"]] <- c("C0", "C1", "C2", "C3", "C40", "C41", "C43", "C45", "C46", "C47", "C48", "C49", "C5", "C6", "C70", "C71", "C72", "C73", "C74", "C75", "C76", "C80", "C81", "C82", "C83", "C84", "C85", "C883", "C887", "C889", "C900", "C901", "C91", "C92", "C93", "C940", "C941", "C942", "C943", "C9451", "C947", "C95", "C96")
.maps[[.tmpn]][["msld"]] <- c("K729", "K766", "K767", "K721")
.maps[[.tmpn]][["metacanc"]] <- c("C77", "C78", "C79", "C80")
.maps[[.tmpn]][["aids"]] <- c("B20", "B21", "B22", "B23", "B24")

# Elixhauser score, ICD9
.tmpn <- "elixhauser_icd9_quan"
.maps[[.tmpn]] <- list()
.maps[[.tmpn]][["chf"]] <- c("39891", "40201", "40211", "40291", "40401", "40403", "40411", "40413", "40491", "40493", "4254", "4255", "4256", "4257", "4258", "4259", "428")
.maps[[.tmpn]][["carit"]] <- c("4260", "42613", "4267", "4269", "42610", "42612", "4270", "4271", "4272", "4273", "4274", "4276", "4277", "4278", "4279", "7850", "99601", "99604", "V450", "V533")
.maps[[.tmpn]][["valv"]] <- c("0932", "394", "395", "396", "397", "424", "7463", "7464", "7465", "7466", "V422", "V433")
.maps[[.tmpn]][["pcd"]] <- c("4150", "4151", "416", "4170", "4178", "4179")
.maps[[.tmpn]][["pvd"]] <- c("0930", "4373", "440", "441", "4431", "4432", "4433", "4434", "4435", "4436", "4437", "4438", "4439", "4471", "5571", "5579", "V434")
.maps[[.tmpn]][["hypunc"]] <- c("401")
.maps[[.tmpn]][["hypc"]] <- c("402", "403", "404", "405")
.maps[[.tmpn]][["para"]] <- c("3341", "342", "343", "3440", "3441", "3442", "3443", "3444", "3445", "3446", "3449")
.maps[[.tmpn]][["ond"]] <- c("3319", "3320", "3321", "3334", "3335", "33392", "334", "335", "3362", "340", "341", "345", "3481", "3483", "7803", "7843")
.maps[[.tmpn]][["cpd"]] <- c("4168", "4169", "490", "491", "492", "493", "494", "495", "496", "497", "498", "499", "500", "501", "502", "503", "504", "505", "5064", "5081", "5088")
.maps[[.tmpn]][["diabunc"]] <- c("2500", "2501", "2502", "2503")
.maps[[.tmpn]][["diabc"]] <- c("2504", "2505", "2506", "2507", "2508", "2509")
.maps[[.tmpn]][["hypothy"]] <- c("2409", "243", "244", "2461", "2468")
.maps[[.tmpn]][["rf"]] <- c("40301", "40311", "40391", "40402", "40403", "40412", "40413", "40492", "40493", "585", "586", "5880", "V420", "V451", "V56")
.maps[[.tmpn]][["ld"]] <- c("07022", "07023", "07032", "07033", "07044", "07054", "0706", "0709", "4560", "4561", "4562", "570", "571", "5722", "5723", "5724", "5725", "5726", "5727", "5728", "5733", "5734", "5738", "5739", "V427")
.maps[[.tmpn]][["pud"]] <- c("5317", "5319", "5327", "5329", "5337", "5339", "5347", "5349")
.maps[[.tmpn]][["aids"]] <- c("042", "043", "044")
.maps[[.tmpn]][["lymph"]] <- c("200", "201", "202", "2030", "2386")
.maps[[.tmpn]][["metacanc"]] <- c("196", "197", "198", "199")
.maps[[.tmpn]][["solidtum"]] <- c("140", "141", "142", "143", "144", "145", "146", "147", "148", "149", "150", "151", "152", "153", "154", "155", "156", "157", "158", "159", "160", "161", "162", "163", "164", "165", "166", "167", "168", "169", "170", "171", "172", "174", "175", "176", "177", "178", "179", "180", "181", "182", "183", "184", "185", "186", "187", "188", "189", "190", "191", "192", "193", "194", "195")
.maps[[.tmpn]][["rheumd"]] <- c("446", "7010", "7100", "7101", "7102", "7103", "7104", "7108", "7109", "7112", "714", "7193", "720", "725", "7285", "72889", "72930")
.maps[[.tmpn]][["coag"]] <- c("286", "2871", "2873", "2874", "2875")
.maps[[.tmpn]][["obes"]] <- c("2780")
.maps[[.tmpn]][["wloss"]] <- c("260", "261", "262", "263", "7832", "7994")
.maps[[.tmpn]][["fed"]] <- c("2536", "276")
.maps[[.tmpn]][["blane"]] <- c("2800")
.maps[[.tmpn]][["dane"]] <- c("2801", "2802", "2803", "2804", "2805", "2806", "2807", "2808", "2809", "281")
.maps[[.tmpn]][["alcohol"]] <- c("2652", "2911", "2912", "2913", "2915", "2916", "2917", "2918", "2919", "3030", "3039", "3050", "3575", "4255", "5353", "5710", "5711", "5712", "5713", "980", "V113")
.maps[[.tmpn]][["drug"]] <- c("292", "304", "3052", "3053", "3054", "3055", "3056", "3057", "3058", "3059", "V6542")
.maps[[.tmpn]][["psycho"]] <- c("2938", "295", "29604", "29614", "29644", "29654", "297", "298")
.maps[[.tmpn]][["depre"]] <- c("2962", "2963", "2965", "3004", "309", "311")

# Elixhauser score, ICD10
.tmpn <- "elixhauser_icd10_quan"
.maps[[.tmpn]] <- list()
.maps[[.tmpn]][["chf"]] <- c("I099", "I110", "I130", "I132", "I255", "I420", "I425", "I426", "I427", "I428", "I429", "I43", "I50", "P290")
.maps[[.tmpn]][["carit"]] <- c("I441", "I442", "I443", "I456", "I459", "I47", "I48", "I49", "R000", "R001", "R008", "T821", "Z450", "Z950")
.maps[[.tmpn]][["valv"]] <- c("A520", "I05", "I06", "I07", "I08", "I091", "I098", "I34", "I35", "I36", "I37", "I38", "I39", "Q230", "Q231", "Q232", "Q233", "Z952", "Z953", "Z954")
.maps[[.tmpn]][["pcd"]] <- c("I26", "I27", "I280", "I288", "I289")
.maps[[.tmpn]][["pvd"]] <- c("I70", "I71", "I731", "I738", "I739", "I771", "I790", "I792", "K551", "K558", "K559", "Z958", "Z959")
.maps[[.tmpn]][["hypunc"]] <- c("I10")
.maps[[.tmpn]][["hypc"]] <- c("I11", "I12", "I13", "I15")
.maps[[.tmpn]][["para"]] <- c("G041", "G114", "G801", "G802", "G81", "G82", "G830", "G831", "G832", "G833", "G834", "G839")
.maps[[.tmpn]][["ond"]] <- c("G10", "G11", "G12", "G13", "G20", "G21", "G22", "G254", "G255", "G312", "G318", "G319", "G32", "G35", "G36", "G37", "G40", "G41", "G931", "G934", "R470", "R56")
.maps[[.tmpn]][["cpd"]] <- c("I278", "I279", "J40", "J41", "J42", "J43", "J44", "J45", "J46", "J47", "J60", "J61", "J62", "J63", "J64", "J65", "J66", "J67", "J684", "J701", "J703")
.maps[[.tmpn]][["diabunc"]] <- c("E100", "E101", "E109", "E110", "E111", "E119", "E120", "E121", "E129", "E130", "E131", "E139", "E140", "E141", "E149")
.maps[[.tmpn]][["diabc"]] <- c("E102", "E103", "E104", "E105", "E106", "E107", "E108", "E112", "E113", "E114", "E115", "E116", "E117", "E118", "E122", "E123", "E124", "E125", "E126", "E127", "E128", "E132", "E133", "E134", "E135", "E136", "E137", "E138", "E142", "E143", "E144", "E145", "E146", "E147", "E148")
.maps[[.tmpn]][["hypothy"]] <- c("E00", "E01", "E02", "E03", "E890")
.maps[[.tmpn]][["rf"]] <- c("I120", "I131", "N18", "N19", "N250", "Z490", "Z491", "Z492", "Z940", "Z992")
.maps[[.tmpn]][["ld"]] <- c("B18", "I85", "I864", "I982", "K70", "K711", "K713", "K714", "K715", "K717", "K72", "K73", "K74", "K760", "K762", "K763", "K764", "K765", "K766", "K767", "K768", "K769", "Z944")
.maps[[.tmpn]][["pud"]] <- c("K257", "K259", "K267", "K269", "K277", "K279", "K287", "K289")
.maps[[.tmpn]][["aids"]] <- c("B20", "B21", "B22", "B24")
.maps[[.tmpn]][["lymph"]] <- c("C81", "C82", "C83", "C84", "C85", "C88", "C96", "C900", "C902")
.maps[[.tmpn]][["metacanc"]] <- c("C77", "C78", "C79", "C80")
.maps[[.tmpn]][["solidtum"]] <- c("C00", "C01", "C02", "C03", "C04", "C05", "C06", "C07", "C08", "C09", "C10", "C11", "C12", "C13", "C14", "C15", "C16", "C17", "C18", "C19", "C20", "C21", "C22", "C23", "C24", "C25", "C26", "C30", "C31", "C32", "C33", "C34", "C37", "C38", "C39", "C40", "C41", "C43", "C45", "C46", "C47", "C48", "C49", "C50", "C51", "C52", "C53", "C54", "C55", "C56", "C57", "C58", "C60", "C61", "C62", "C63", "C64", "C65", "C66", "C67", "C68", "C69", "C70", "C71", "C72", "C73", "C74", "C75", "C76", "C97")
.maps[[.tmpn]][["rheumd"]] <- c("L940", "L941", "L943", "M05", "M06", "M08", "M120", "M123", "M30", "M310", "M311", "M312", "M313", "M32", "M33", "M34", "M35", "M45", "M461", "M468", "M469")
.maps[[.tmpn]][["coag"]] <- c("D65", "D66", "D67", "D68", "D691", "D693", "D694", "D695", "D696")
.maps[[.tmpn]][["obes"]] <- c("E66")
.maps[[.tmpn]][["wloss"]] <- c("E40", "E41", "E42", "E43", "E44", "E45", "E46", "R634", "R64")
.maps[[.tmpn]][["fed"]] <- c("E222", "E86", "E87")
.maps[[.tmpn]][["blane"]] <- c("D500")
.maps[[.tmpn]][["dane"]] <- c("D508", "D509", "D51", "D52", "D53")
.maps[[.tmpn]][["alcohol"]] <- c("F10", "E52", "G621", "I426", "K292", "K700", "K703", "K709", "T51", "Z502", "Z714", "Z721")
.maps[[.tmpn]][["drug"]] <- c("F11", "F12", "F13", "F14", "F15", "F16", "F18", "F19", "Z715", "Z722")
.maps[[.tmpn]][["psycho"]] <- c("F20", "F22", "F23", "F24", "F25", "F28", "F29", "F302", "F312", "F315")
.maps[[.tmpn]][["depre"]] <- c("F204", "F313", "F314", "F315", "F32", "F33", "F341", "F412", "F432")