tests/scssr.R

In flr/FLa4a: A Simple and Robust Statistical Catch at Age Model

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# tests for sca
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library(FLa4a)
data(ple4)
data(ple4.indices)
ple4.indices <- ple4.indices[c(3,4,5)]
data(ple4.index)

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# run sca
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fit0 <-  sca(ple4, FLIndices(ple4.index))

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# bevholt
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fitbh <-  sca(ple4, FLIndices(ple4.index), srmodel=~bevholt(CV=0.2))

fitbhsv <-  sca(ple4, FLIndices(ple4.index), srmodel=~bevholtSV(CV=0.2))

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# ricker
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fitr <-  sca(ple4, FLIndices(ple4.index), srmodel=~ricker(CV=0.2))

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# hockey-stick
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fith <-  sca(ple4, FLIndices(ple4.index), srmodel=~hockey(CV=0.2))

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# geomean
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fitg <-  sca(ple4, FLIndices(ple4.index), srmodel=~geomean(CV=0.2))

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# mean
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fitm <-  sca(ple4, FLIndices(ple4.index), srmodel=~1)