In fvgls/CampR: Libreria de funciones en R para el programa CAMP

library(CampR)

Este documento R Markdown. resume y propone un protolo para realiar la comprobación de errores en los datos recogidos y tecleados a lo largo de una campaña de arrastre con datos almacenados con las bases de datos de CAMP 12 Harbour Windows 10 version.

El protocolo debe incluir la revisión de:

Pescas: datos en el fichero lancesXXX.dbf

La revisión puede incluir un mapa con la distribución de los lances que permite encontrar errores de bulto rápidamente. La función armap.camp(camp="N12",dns="Cant") permite incluir el número del lance con Nlans=TRUE que también puede ayudar a localizar errores

armap.camp("N12","Cant") 

La función qcdistlan.camp permite ver errores en la distancia recorrida y la velocidad incluida en los datos y su relación, además de la duración del lance y el rumbo.

qcdistlan.camp("N12","Cant",todos=FALSE,pc.error=2)

Funcionamiento del arte (análisis del log del ITI, MARPORT, SCANMAR...)

Los datos se pueden tomar directamente del equipo a través de los telegramas que se pasan al PescaWin y procesarlo: preparar ejemplos a partir de un archivo de log del MARPORT u otro monitor de funcionamiento del aparejo.

Revisión de capturas - pesos según relación LW

La función qcLW.camp(1,51,"N12","Cant") produce un gráfico con los pesos por lance en función de la captura y el peso estimado para esa captura a partir de la distribución de tallas medidas. El error respecto a la mediana permite también ver qué lances dan error por categoría. qcLWbucl.camp permite revisar todas las especies de la campaña sucesivamente, y con out.dat=TRUE produce una tabla con todos los errores de todas las especies de peces sin necesidad de revisar todos los gráficos.

qcLW.camp(1,51,"N12","Cant",margerr=14)

Revisión de tallas y sexos

La función qcdtall.camp(gr,esp,"N12","Cant",lance=xxx) permite revisar la distribución de tallas medida para el lance xxx junto con las categorías medidas y los factores de ponderación captura/muestra para cada categoría, añadiendo cual habría sido el tamaño de muestra suficiente en función del rango de tallas encontrado.

qcdtall.camp(1,51,"N12","Cant",107)

La función qcdtallrev.camp permite sacar las distribuciones de todas las especies y lances, se puede cortar pulsando ESCAPE en cualquier momento, y resulta muy útil para revisar posibles datos de especies con identificación de sexos en especies que habitualmente no se miden por sexos.

Revisión de medición de tallas para todos los peces

La función qcTalPez.lan(camp,dns="Cant",lan,gr=1) revisa que haya datos de tallas en el fichero de tallas NTALLxxx.DBF para todas las especies registradas en el fichero FAUNAXXX.DBF y viceversa, localizando especies que no se han medido en un lance, o especies que se han medido pero no se ha registrado el peso de captura y discordancias entre inviduos medidos en NTALLxxx.DBF y los registrados para el lance correspondiente en FAUNAxxx.DBF.

qcTalPez.lan("P18",dns="Porc",16,gr=1)

Provisionalmente existe una función qcTalPez.camp(camp,dns,gr) que recorre todos los lances de la campaña buscando errores, habrá que mejorarla, porque va haciendo pausas entre lances y no es una salida muy amigable

Revisión de edades (post campaña y con otolitos leídos)

La función grafedtal.camp permite ver la composción por edades de cada talla, identificando posibles errores de tecleo y dando una imágen de la composición por edades de la captura en el lance.

grafedtal.camp(1,42,"N12","Cant",plus=6)

La función GetAlk.camp(gr,esp,camp,dns,plus) permite sacar la clave talla edad utilizada para convertir los datos de tallas en la distribución por edades variando como sea necesario la edad plus y utilizar una clave alternativa si acaso.

fvgls/CampR documentation built on April 5, 2024, 2:56 p.m.