In fvgls/CampR: Libreria de funciones en R para el programa CAMP
library(CampR)
Este documento R Markdown. resume y propone un protolo para realiar la comprobación de errores en los datos recogidos y tecleados a lo largo de una campaña de arrastre con datos almacenados con las bases de datos de CAMP 12 Harbour Windows 10 version.
El protocolo debe incluir la revisión de:
Pescas: datos en el fichero lancesXXX.dbf
La revisión puede incluir un mapa con la distribución de los lances que permite encontrar errores de bulto rápidamente. La función armap.camp(camp="N12",dns="Cant") permite incluir el número del lance con Nlans=TRUE que también puede ayudar a localizar errores.
armap.camp("N12","Cant")
Así mismo la función MapLansGPS(camp="N22",dns="Cant") permite tener una primera visión de los recorridos y por tanto las distancias en cada lance de la campaña.
MapLansGPS("N22","Cant")
La función qcdistlan.camp permite ver errores en la distancia recorrida y la velocidad incluida en los datos y su relación, además de la duración del lance y el rumbo. Además incorpora una revisión de las horas de largada y virada comprobando que no existen lances fuera de las horas de día y que no hay años mal tecleados avisando si se encuentran lances asignados a varios años
head(qcdistlan.camp("N22","Cant",todos=FALSE,pc.error=2))
Funcionamiento del arte (análisis del log del ITI, MARPORT, SCANMAR...)
Los datos se pueden tomar directamente del equipo a través de los telegramas que se pasan al PescaWin y procesarlo: preparar ejemplos a partir de un archivo de log del MARPORT u otro monitor de funcionamiento del aparejo.
Revisión de capturas I - se han medido todos los peces y están todos los medidos en el fauna?
Es importante revisar que los datos en el faunaXXX.dbf y en el ntallXXX.dbf coinciden, que se han medido todos los peces incluidos en el fauna y que todos los datos en el ntallXXX tienen sus datos en el faunaXXX para ello hay dos funciones:
qcTalPez.camp(camp,dns,gr=1) en principio sólo se utiliza con los peces puesto que en el resto de grupos no se miden por defecto.qcTalPez.lan(camp,dns,lan,gr=1) para comprobar los datos de un sólo lance
qcTalPez.lan("N22","Cant",lan=61,gr=1)
Por ejemplo en el lance 61 de N22 quedó sin medir el fodón Trisopterus luscus. Lo bueno es hacer esta comprobación durante la campaña una vez tecleados los datos en el CAMP, ya que a posteriori normalmente no se pueden recuperar los datos
Revisión de capturas II - pesos según relación LW
La función qcLW.camp(1,51,"N12","Cant") produce un gráfico con los pesos por lance en función de la captura y el peso estimado para esa captura a partir de la distribución de tallas medidas. El error respecto a la mediana permite también ver qué lances dan error por categoría. qcLWbucl.camp permite revisar todas las especies de la campaña sucesivamente, y con out.dat=TRUE produce una tabla con todos los errores de todas las especies de peces sin necesidad de revisar todos los gráficos.
Es importante revisar y corregir el dato del peso en el faunaXXX y el ntallXXX en casos de errores de asignación de pesos mayores de un 10%, especialmente cuando el número de individuos medidos sea mayor de 5.
qcLW.camp(1,51,"N12","Cant",margerr=14)
En el gráfico se muestran los números de los lances con pesos fuera de los rangos de error permitidos, los datos del faunaXXX y del ntallXXX de esos lances deberían revisarse con más atención y pensar su revisión y corrección del peso.
Revisión de tallas y sexos
La función qcdtall.camp(gr,esp,"N12","Cant",lance=xxx) permite revisar la distribución de tallas medida para el lance xxx junto con las categorías medidas y los factores de ponderación captura/muestra para cada categoría, añadiendo cual habría sido el tamaño de muestra suficiente en función del rango de tallas encontrado.
qcdtall.camp(1,51,"N12","Cant",107)
La función qcdtallrev.camp permite sacar las distribuciones de todas las especies y lances, se puede cortar pulsando ESCAPE en cualquier momento, y resulta muy útil para revisar posibles datos de especies con identificación de sexos en especies que habitualmente no se miden por sexos.
Revisión de edades (post campaña con otolitos leídos y claves talla-edad cargadas)
La función ALKS.dns.camp permite ver las claves talla-edad disponibles en los ficheros edadxxx.dbf en dns
ALKs.dns.camp(dns="Cant",camp="N21")
Si no se incluye la campaña saca un listado con todas las claves en los ficheros edadXXX.dbf
La función grafedtal.camp permite ver la composción por edades de cada talla, identificando posibles errores de tecleo y dando una imágen de la composición por edades de la captura en el lance.
grafedtal.camp(1,42,"N12","Cant",plus=6)
La función GetAlk.camp(gr,esp,camp,dns,plus) permite sacar la clave talla edad utilizada para convertir los datos de tallas en la distribución por edades variando como sea necesario la edad plus y utilizar una clave alternativa si acaso.
fvgls/CampR documentation built on April 5, 2024, 2:56 p.m.
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library(CampR)
Este documento R Markdown. resume y propone un protolo para realiar la comprobación de errores en los datos recogidos y tecleados a lo largo de una campaña de arrastre con datos almacenados con las bases de datos de CAMP 12 Harbour Windows 10 version.
El protocolo debe incluir la revisión de:
Pescas: datos en el fichero lancesXXX.dbf
La revisión puede incluir un mapa con la distribución de los lances que permite encontrar errores de bulto rápidamente. La función armap.camp(camp="N12",dns="Cant") permite incluir el número del lance con Nlans=TRUE que también puede ayudar a localizar errores.
armap.camp("N12","Cant")
Así mismo la función MapLansGPS(camp="N22",dns="Cant") permite tener una primera visión de los recorridos y por tanto las distancias en cada lance de la campaña.
MapLansGPS("N22","Cant")
La función qcdistlan.camp permite ver errores en la distancia recorrida y la velocidad incluida en los datos y su relación, además de la duración del lance y el rumbo. Además incorpora una revisión de las horas de largada y virada comprobando que no existen lances fuera de las horas de día y que no hay años mal tecleados avisando si se encuentran lances asignados a varios años
head(qcdistlan.camp("N22","Cant",todos=FALSE,pc.error=2))
Funcionamiento del arte (análisis del log del ITI, MARPORT, SCANMAR...)
Los datos se pueden tomar directamente del equipo a través de los telegramas que se pasan al PescaWin y procesarlo: preparar ejemplos a partir de un archivo de log del MARPORT u otro monitor de funcionamiento del aparejo.
Revisión de capturas I - se han medido todos los peces y están todos los medidos en el fauna?
Es importante revisar que los datos en el faunaXXX.dbf y en el ntallXXX.dbf coinciden, que se han medido todos los peces incluidos en el fauna y que todos los datos en el ntallXXX tienen sus datos en el faunaXXX para ello hay dos funciones:
qcTalPez.camp(camp,dns,gr=1)en principio sólo se utiliza con los peces puesto que en el resto de grupos no se miden por defecto.qcTalPez.lan(camp,dns,lan,gr=1)para comprobar los datos de un sólo lance
qcTalPez.lan("N22","Cant",lan=61,gr=1)
Por ejemplo en el lance 61 de N22 quedó sin medir el fodón Trisopterus luscus. Lo bueno es hacer esta comprobación durante la campaña una vez tecleados los datos en el CAMP, ya que a posteriori normalmente no se pueden recuperar los datos
Revisión de capturas II - pesos según relación LW
La función qcLW.camp(1,51,"N12","Cant") produce un gráfico con los pesos por lance en función de la captura y el peso estimado para esa captura a partir de la distribución de tallas medidas. El error respecto a la mediana permite también ver qué lances dan error por categoría. qcLWbucl.camp permite revisar todas las especies de la campaña sucesivamente, y con out.dat=TRUE produce una tabla con todos los errores de todas las especies de peces sin necesidad de revisar todos los gráficos.
Es importante revisar y corregir el dato del peso en el faunaXXX y el ntallXXX en casos de errores de asignación de pesos mayores de un 10%, especialmente cuando el número de individuos medidos sea mayor de 5.
qcLW.camp(1,51,"N12","Cant",margerr=14)
En el gráfico se muestran los números de los lances con pesos fuera de los rangos de error permitidos, los datos del faunaXXX y del ntallXXX de esos lances deberían revisarse con más atención y pensar su revisión y corrección del peso.
Revisión de tallas y sexos
La función qcdtall.camp(gr,esp,"N12","Cant",lance=xxx) permite revisar la distribución de tallas medida para el lance xxx junto con las categorías medidas y los factores de ponderación captura/muestra para cada categoría, añadiendo cual habría sido el tamaño de muestra suficiente en función del rango de tallas encontrado.
qcdtall.camp(1,51,"N12","Cant",107)
La función qcdtallrev.camp permite sacar las distribuciones de todas las especies y lances, se puede cortar pulsando ESCAPE en cualquier momento, y resulta muy útil para revisar posibles datos de especies con identificación de sexos en especies que habitualmente no se miden por sexos.
Revisión de edades (post campaña con otolitos leídos y claves talla-edad cargadas)
La función ALKS.dns.camp permite ver las claves talla-edad disponibles en los ficheros edadxxx.dbf en dns
ALKs.dns.camp(dns="Cant",camp="N21")
Si no se incluye la campaña saca un listado con todas las claves en los ficheros edadXXX.dbf
La función grafedtal.camp permite ver la composción por edades de cada talla, identificando posibles errores de tecleo y dando una imágen de la composición por edades de la captura en el lance.
grafedtal.camp(1,42,"N12","Cant",plus=6)
La función GetAlk.camp(gr,esp,camp,dns,plus) permite sacar la clave talla edad utilizada para convertir los datos de tallas en la distribución por edades variando como sea necesario la edad plus y utilizar una clave alternativa si acaso.
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