R/internal_alledges_list.R

In grishagin/RIGplotbiopax: Plot BioPAX Pathways

internal_alledges_list<-
  function(pw_biopax){
    #' @keywords internal
    
    edges<-list()
    
    ####################################################################################################
    ######################## all entities to dbid edges
    edges$all2dbid_df<-
      suppressWarnings(RIGplotbiopax:::internal_edges_dbid(pw_biopax))
    
    ####################################################################################################
    ######################## physical entities to vocabulary edges
    edges$all2vocab_df<-
      suppressWarnings(RIGplotbiopax:::internal_edges_vocab(pw_biopax))
    
    ####################################################################################################
    ######################## complex components edge df
    edges$cplx_df<-
      suppressWarnings(RIGplotbiopax:::internal_edges_cplx(pw_biopax))
    
    ####################################################################################################
    ######################## pathway components edge df
    edges$pw2component_df<-
      suppressWarnings(RIGplotbiopax:::internal_edges_pw(pw_biopax))
    
    ####################################################################################################
    ######################## left-right components edge dfs
    edges$lr_df<-
      suppressWarnings(RIGplotbiopax:::internal_edges_lr(pw_biopax))
    
    ####################################################################################################
    ######################## control components edge dfs
    edges$ctrl_df<-
      suppressWarnings(RIGplotbiopax:::internal_edges_ctrl(pw_biopax))
    
    return(edges)
  }