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In jbfagotfede39/aquatools: Tools for freshwater managers

NEWS - aquatools

0.0.166 - 2025-01-15

Ajouts

• chronique.figure.interannuelle : ajout d'un paramètre de choix de la palette, car il y a toujours un cas qui ne convient pas
• formatage.annee.neutre : ajout d'un dégroupage, car les groupes pouvaient générer des bugs et n'avaient pas lieu d'être
• formatage.annee.biologique : ajout d'un dégroupage, car les groupes pouvaient générer des bugs et n'avaient pas lieu d'être

Modifications

• chronique.figure : francisation de la légende des mois (dont ajout de la dépendance)
• chronique.figure.classescalendaires : francisation de la légende des mois (dont ajout de la dépendance)
• chronique.figure.cumul : francisation de la légende des mois (dont ajout de la dépendance)
• chronique.figure.depassementscalendaires : francisation de la légende des mois (dont ajout de la dépendance)
• chronique.figure.interannuelle : refactoring :
• Aération/nettoyage du code
• Implémentation complète de chronique.contexte (close # 32)
• Implémentation complète de formatage.annee.neutre
• Francisation de la légende des mois (dont ajout de la dépendance)

0.0.165 - 2024-12-24

Ajouts

• Ajout d'une licence et d'un readme
• Ajout de dépendances manquantes : dygraphs, janitor, readODS, xts (close #85)
• SIG.conversion.dec2l93 : création
• chronique.bruit.temps : création
• chronique.contexte : ajout du calcul de nmesure
• chronique.ouverture :
• Ajout d'une bascule automatique si nécessaire de chsta_codemo vers chsta_coderhj
• Ajout d'un test sur la longueur des commentaires importés, et remplacement si vide, afin d'obtenir les bons datatypes
• formatage.time : ajout de cas de traitement pour renommage en sortie
• formatage.date.heure : création - Permet de faire l'inverse de formatage.time

Modifications

• BDD.ouverture :
• Complément avec machine professionnelle Malidé
• Ajout d'une entrée pour le poste de JB suite à MAJ MacOS
• chronique.cle : modification de l'ordre des paramètres afin d'en faciliter l'utilisation
• chronique.recalage.valeur : reformatage
• MI.SANDRE : modification de la localisation des colonnes en début de jeu de données

Corrections

• chronique.figure.longitudinale : suppression de la dépendance à tcltk::tk_select.list

0.0.164 - 2024-10-01

Ajouts

• chronique.ouverture :
• Ajout d'un paramètre separateur de colonnes
• Ajout du traitement des sondes WiSens DO
• sapl.ouverture.adhesions : création

Modifications

• chronique.ouverture : Ajout d'un filtre afin de supprimer les lignes partiellement vides qui générent ensuite des warnings lors du parsing des dates/heures et qui empêchent le traitement du fichier

Corrections

• Suppression de l'appel du package babel dans le fichier ModeleRenduPeche.Rnw qui ne fonctionne pas sur le poste d'Adrien
• Suppression de l'appel du package babel dans le fichier ModeleRenduPecheCommente.Rnw qui ne fonctionne pas sur le poste d'Adrien

0.0.163 - 2024-08-29

Corrections

• chronique.ouverture : correctif 3 pour format de collecte heure lors de l'ouverture des données "Aquaread LeveLine 10m ABS" transmises par un modem "Aquaread AquaTel LeveLine"

0.0.162 - 2024-08-28

Corrections

• chronique.ouverture : correctif 2 pour collecte nom de la station lors de l'ouverture des données "Aquaread LeveLine 10m ABS" transmises par un modem "Aquaread AquaTel LeveLine"

0.0.161 - 2024-08-28

Ajouts

• BDD.ouverture :
• Ajout de la machine de Malidé dans une deuxième version

Corrections

• chronique.ouverture : correctif pour utilisation plus générale de l'ouverture des données "Aquaread LeveLine 10m ABS" transmises par un modem "Aquaread AquaTel LeveLine"

0.0.160 - 2024-08-22

Ajouts

• chronique.ouverture : ouverture des données "Aquaread LeveLine 10m ABS" transmises par un modem "Aquaread AquaTel LeveLine"

0.0.159 - 2024-06-03

Ajouts

• BDD.ouverture :
• Ajout de la machine de Malidé
• Retrait de la machine de Quentin

Corrections

• poissons.captures :
• Refactoring du code de filtrage afin qu'il soit réalisé côté base de données
• Ajout d'un test afin de savoir si le nom de station contient une apostrophe, ce qui posera problème en SQL

0.0.158 - 2024-05-23

Ajouts

• chronique.vue.dynamique : création
• formatage.time : création
• formatage.variables.renommage : création
• PC.variables.renommage : création

Corrections

• chronique.resultats.periode : harmonisation des noms de variables temporaires
• topographie.figure.profil.automatique : ajout d'un correctif permettant d'échapper l'affichage de la ligne d'eau s'il n'y a pas de mesure associée au niveau du transect

0.0.157 - 2024-05-02

Ajouts

• chronique.ouverture : ajout de l'importation depuis des fichiers LibreOffice .ods
• poissons.contexte : création
• poissons.cpue : création
• poissons.plansdeau.ofbversteleos :
• ajout de la gestion des lots N et S/L concernant les effectifs totaux
• ajout de l'utilisation de formatage.noms_propres afin de reformater automatiquement les noms de milieux incorrects
• topographie.figure.profil : ajout d'un paramètre de choix du nom du fichier enregistré
• topographie.figure.profil.automatique : création

Modifications

• chronique.ouverture : modification du traitement pour prise en compte des colonnes chmes_validation et chmes_mode_acquisition si elles sont déjà présentes dans le jeu de données

Corrections

• topographie.profil : correction d'un nom de variable fonctionnel avec le script historique, mais qui était faux (effet confondant)

0.0.156 - 2024-02-14

Ajouts

• PaletteAnnees.RData : ajout d'années dans le jeu de données
• palette_annees_aleatoires.RData : création - permet d'avoir toujours la même couleur pour une année, mais sans que les années successives soient trop semblables
• palette_annees_stratifie.RData : création - permet d'avoir toujours la même couleur pour une année, mais avec des années successives plutôt coordonnées
• PC.lac.profil : ajout du paramètre couleurs

Modifications

• hydrovu.refactoring : ajouts de cas complémentaires non identifiés précédemment
• PC.lac.profil : modification du traitement des dates afin qu'une même année soit toujours de la même couleur

0.0.155 - 2024-02-02

Ajouts

• formatage.heure.excel : création
• hydrovu.authentification : création
• hydrovu.donnees : création
• hydrovu.extraction : création
• hydrovu.refactoring : création
• hydrovu.sites : création

0.0.154 - 2024-01-23

Ajouts

• Utilisation de usethis::use_lifecycle() au sein du package
• chronique.recalage.valeur : création

Modifications

• chronique.decalage passée en deprecated suite à création de chronique.recalage.temps

Corrections

• Fichiers d'aides automatiquement corrigés en markdown suite à utilisation de usethis::use_lifecycle()

0.0.153 - 2024-01-11

Ajouts

• topographie.profil : création

Modifications

• topographie.figure.profil :
• Changement du syle theme_bw vers theme_minimal
• Modification des intitulés de variables
• Mise en compatibilité avec topographie.profil
• Suppression de l'extraction des données de profil en entrée, qu'il faudra envoyer de manière séparée afin de rendre les choses plus universelles
• topographie.transect :
• Explicitation de l'aide
• Ajout de la gestion d'un éventuel identifiant de transect

0.0.152 - 2024-01-09

Ajouts

• formatage.annee.biologique :
• Ajout des formats chmesgr_date et chmres_date
• Intégration d'une transformation des données de physico-chimie pour PC.contexte
• En-tête du nom du champ en sortie correspondant à celui en entrée (pcmes_date -> pcmes_anneebiol)
• PC.contexte :
• Ajout de la gestion des unités
• Ajout de la gestion des années biologiques et nombre et liste des années biologiques
• Création des champs manquants si nécessaire
• PC.figure :
• Ajout d'un choix du thème graphique
• PC.figure.parametres :
• Création d'un affichage automatique par défaut des légendes, puis traitement des cas spécifiques comme des exceptions (permet de traiter tous les cas non intégrés au système)
• Ajout de dépendances

Corrections

• chronique.variables.renommage :
• Correction des exemples avec les bons noms de paramètres
• Correction d'un _ qui était ajouté en trop

Modifications

• PC.contexte :
• Refactoring important
• Modification des noms de champs de sortie
• Meilleure gestion des noms de milieux absents
• PC.figure :
• Modification des exemples avec noms des jeux de données en snake_case
• Modification de noms de variable en snake_case
• Renommage du jeu de données PC en data
• Versionnage des variables data et contexte
• Amélioration de l'établissement du contexte
• Modification des titres de légende et de l'axe X, avec affichage conditionnel
• Utilisation de PC.contexte
• PC.figure.parametres :
• Mise en cohérence des noms de champs en entrée suite à évolution de PC.contexte
• PC.parametres : reformatage des noms de variables

0.0.151 - 2024-01-09

Ajouts

• chronique.agregation : ajout d'une option d'agrégation uniquement avec la station
• chronique.cle : ajout du format TU
• chronique.ouverture : ajout d'un forçage pour ne pas créer de noms de colonnes, car générés ensuite. C'était nécessaire pour importer des fichiers sans noms de colonnes, car skipvalue = 0 faisait perdre la première ligne qui était considérée comme des titres
• chronique.regroupement : ajout d'une option regroupement permettant de regrouper (moyenne, somme et nombre) les données s'il en existe plusieurs pour une même modalité temporelle
• formatage.annee.biologique : ajout d'une dépendance
• formatage.annee.neutre : ajout d'une dépendance
• PC.hubeau : création
• poissons.captures :
• Ajout d'une option d'extraction à partir du codeOperation avec le paramètre operation
• Petites corrections de code et de documentation (organisation)

Modifications

• BDD.ouverture :
• Ajout de la connexion appshiny depuis la VM201 - #172
• Correction complémentaire pour automate suite aux modifications précédentes

0.0.150 - 2023-06-21

Ajouts

• DESCRIPTION :
• Ajout du champ Maintainer
• Mise à jour des dépendances et du champ License
• chronique.cle :
• ajout du traitement des données de suivi
• chronique.ouverture :
• ajout de la création si nécessaire du champs chsvi_actionafaire lors de l'importation de données de suivi
• ajout du renommage du champs Profondeur lors de l'importation de données de suivi
• ajout d'un tri chronologique lors de l'importation de mesures
• ajout des modalités d'ouverture de chroniques mdy_hms et mdy_hm
• PC.renommage : création

Corrections

• PC.figure :
• Correction d'intitulés de champs pour qu'ils correspondent à ceux utilisés dans la base de données
• Amélioration des exemples
• ModeleRenduPeche.Rnw et ModeleRenduPecheCommente.Rnw : correction d'une syntaxe devenue problématique, et qui était imprécise

Modifications

• BDD.ouverture :
• Commentaire plus précis pour les différents versions serveur
• Ajout de la connexion automate depuis la VM201 - #172
• Modification du code afin d'aller chercher le mot de passe dans .pgpass dans les VM

0.0.149 - 2023-02-28

Ajouts

• chronique.figure.classescalendaires : ajout d'un test de vérification qu'on a bien des données journalières en entrée
• PC.concentrationO2 : création
• topographie.hypsometrie : création

Corrections

• PC.saturationO2 : modification du mode de calcul car source initiale indisponible en ligne, remplacement par SANDRE (close #76)
• poissons.plansdeau.ofbversteleos :
• Ajout d'un ré-encodage des types de filets CEN et du test de bon traitement associé

0.0.148 - 2023-01-26

Ajouts

• df.comparaison.champs : ajout d'une comparaison des datatypes des dataframes

Corrections

• PC.lac.vuespatiale :
• Correction du nom de variable ContourPlandeau en contourplandeau conformément à la déclaration en début de fonction
• poissons.plansdeau.ofbversteleos :
• Filtrage des lignes de captures potentiellement importées mais vides
• Correction automatique des formats de date et d'heure de pose et de relève
• Ajout d'un test d'aiguillage vers le regroupement des lots I en lots G
• Ajout de la dépendance à openxlsx
• Remplacement d'un stop par un warning concernant Présence d'actions de pêche sans capture (ou capture vide) en face

0.0.147 - 2022-12-21

Ajouts

• chronique.figure.classescalendaires :
• complément et optimisation du code pour l'option affichagevide
• ajout de commentaires afin d'organiser le code
• chronique.figure.depassementscalendaires :
• création du code pour l'option affichagevide
• nettoyage de l'aide
• formatage.annee.neutre : ajout d'un exemple avec filtrage de la période estivale uniquement
• SIG.export : ajout d'un exemple avec renommage du projet avec des undescores
• SIG.conversion.dms2dec : création

Corrections

• chronique.analyse :
• suppression de la conversion en secondes qui faussait les résultats, car l'unité temporelle est maintenant automatiquement affichée dans la cellule
• correction par complément du calcul des dates de début et de fin des épisodes de dépassement les plus longs, donc de la durée qui en est déduite : lorsqu'il y en a plusieurs de même durée, seul l'épisode le plus tardif est conservé (précédemment c'était le début du premier épisode et la fin du dernier épisode qui étaient considérées)
• chronique.figure.interannuelle : correction de l'ajustement des paramètres en fonction du typemesure, qui était forcé
• poissons.plansdeau.ofbversteleos :
• Ajout de volets dans le fichier excel exporté
• Conversion en type numérique de la maille, de la taille individuelle/min/max, du poids et de l'effectif du lot pour les captures et coordonnées X et Y pour les settings
• Modification de l'appel à poissons.especes() afin d'optimiser le temps de traitement
• Correction d'une erreur dans la construction du champ des observations de settings

Modifications

• chronique.figure.depassementscalendaires : inversion des couleurs par défaut, afin de coller à la thermie : on personnalisera uniquement pour la piézométrie

0.0.146 - 2022-09-21

Ajouts

• df.comparaison.champs : Création

Corrections

• poissons.poids :
• Ajout d'un échappement de NA dans le cas de la présence d'une taille moyenne vide
• Conversion d'une matrice en tibble pour jointure moins problématique selon configuration machine

Modifications

• formatage.ecosysteme :
• Suppression des exceptions manuelles (source de plantage), à revoir avec les tables récentes fd.referentiels.dictionnaire_correction
• poissons.lac.irsteaversteleos :
• Renommage en poissons.plansdeau.ofbversteleos
• Correction d'une coquille dans la documentation
• Modification des noms de variables en snake case
• Transformation des fonctions paste0 en glue
• Choix du format de coordonnées
• Nettoyage de NA qui s'affichaient si les champs étaient vides
• Recalcul des lots I en lots G, avec avertissement de l'utilisateur

0.0.145 - 2022-08-23

Ajouts

• chronique.ouverture : ajout de l'importation des mesures hydrologiques issues de Hub'Eau
• chronique.periode :
• correction de l'intitulé de deux paramètres dans l'en-tête
• correction d'erreurs de syntaxe dans les exemples
• chronique.resultats.periode :
• Utilisation de chronique.variables.renommage (#31)

Corrections

• BDD.ouverture : ajout d'une modalité pour l'identification du poste de JB en local
• chronique.resultats.periode :
• Résolution d'un bug d'exécution
• Nettoyage
• poissons.poids : déplacement du calcul des estimations (et surtout du cf) hors d'une condition

Modifications

• chronique.resultats.periode :
• Modification du séparateur : ; devient ,, afin d'harmoniser les différents séparateurs
• Nettoyage

Suppressions

0.0.144 - 2022-05-31

Ajouts

• chronique.figure.classescalendaires : ajout partiel du traitement du paramètre affichagevide
• chronique.cle : ajout du paramètre Unité et de la configuration STU
• chronique.figure.interannuelle : ajout du réglage des Ymin et Ymax dans le cas de l'oxygénation
• chronique.ouverture : ajout de la modalité d'importation des données piézométriques RuggedTROLL
• chronique.regroupement : création
• poissons.captures : ajout du calcul de poids_moy pour les lots
• poissons.poids :
• déplacé depuis afd39
• ajout de tests en entrée, avec limitation à une seule espèce et effectif minimal de 30 individus
• ajout d'un réglage du pas de taille pour les données estimées
• modification des données traitées en entrée pour affiner le calcul : taille et poids moyens pour les lots
• ajout de l'extraction et du test de la p-value du modèle
• ajout d'un traitement différencié : sortie d'un tableau de référence, ou bien complément d'un jeu de données incomplet, en fonction de la fourniture ou non en entrée de ce dernier
• affichage dans les sorties de l'espèce et des milieux des données de référence

Corrections

• chronique.figure.cumul :
• correction du paramètre datedebutanneeneutre dans l'appel de la fonction formatage.annee.neutre.
• correction de la sortie de chronique.agregation suite à l'évolution du format de sortie de celle-ci
• chronique.figure.interannuelle : modification de l'appel de chronique.traitement

Modifications

• chronique.agregation :
• modification de la syntaxe de la localisation des fichiers de sortie avec glue
• léger refactoring afin de corriger problème créé par la dernière modification
• modification format de sortie (liste -> tibble) vers R dans le cas de l'appel d'un seul paramètre (ValJours par exemple)
• chronique.figure.classescalendaires : ajout du ré-encodage des extremums dans le cas de l'oxygénation
• chronique.figure.parametres : augmentation de l'échelle des classes de valeurs dans le cas de l'oxygénation

0.0.143 - 2022-05-04

Ajouts

• NEWS.md : création
• chronique.agregation : ajout d'un export vers R possible même si export = T, afin de pouvoir récupérer certaines valeurs agrégées sans avoir à tout recalculer
• chronique.contexte : ajout du traitement des MOs
• chronique.figure.classescalendaires : création
• chronique.figure.parametres :
• ajout de classes de valeurs de référence pour calculs ultérieurs si nécessaire (chronique.figure.classescalendaires)
• ajout de palette de couleurs pour classes de valeurs de référence (chronique.figure.classescalendaires)
• chronique.ouverture :
• création d'un format d'importation pour l'hydrologie
• ajout d'un paramètre de feuille à lire dans le cas d'un fichier excel

Corrections

• chronique.correction : refactoring d'une syntaxe qui était lourde, source de bug et qui n'apportait rien
• chronique.figure.depassementscalendaires :
• correction du résumé
• nettoyage de paramètres inutiles et ajout pour mémoire du paramètre affichage vide, à développer
• formatage.annee.neutre : correction de l'intitulé du paramètre datedebutanneebiol en datedebutanneeneutre

Modifications

• BDD.ouverture : ajout de la nouvelle machine de JB
• chronique.figure : refactoring très léger
• chronique.figure.interannuelle : modification de l'appel de chronique.traitement pour simplification

0.0.142 - 2022-03-22

Ajouts

• chronique.contexte : ajout du traitement des unités
• chronique.figure.depassementscalendaires : création
• chronique.figure.cumul : implantation de formatage.annee.neutre
• formatage.anne.neutre : création

Corrections

• chronique.contexte :
• ajout d'une exception pour éliminer les NA
• ajout de la création d'un champ année vide, qui avait été oublié

Modifications

• chronique.figure.parametres : paramétrisation de l'unité afin de limiter les redondances et de pouvoir l'exploiter seule

jbfagotfede39/aquatools documentation built on Jan. 22, 2025, 1:20 p.m.