condor: COmplex Network Description Of Regulators

### R code from vignette source 'condor.Rnw'

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### code chunk number 1: condor.Rnw:31-33
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library(condor)
library(igraph)


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### code chunk number 2: condor.Rnw:36-41
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r = c(1,1,1,2,2,2,3,3,3,4,4);
b = c(1,2,3,1,2,4,2,3,4,3,4);
reds <- c("Alice","Sue","Janine","Mary")
blues <- c("Bob","John","Ed","Hank")
elist <- data.frame(red=reds[r], blue=blues[b])


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### code chunk number 3: condor.Rnw:44-45
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condor.object <- create.condor.object(elist)


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### code chunk number 4: condor.Rnw:48-49
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names(condor.object)


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### code chunk number 5: condor.Rnw:52-55
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condor.object <- condor.cluster(condor.object)
print(condor.object$red.memb)
print(condor.object$blue.memb)


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### code chunk number 6: condor.Rnw:59-62
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gtoy = graph.edgelist(as.matrix(elist),directed=FALSE)
set.graph.attribute(gtoy, "layout", layout.kamada.kawai(gtoy))
V(gtoy)[c(reds,blues)]$color <- c(rep("red",4),rep("blue",4))


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### code chunk number 7: condor.Rnw:65-66
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plot(gtoy,vertex.label.dist=2)


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### code chunk number 8: condor.Rnw:70-71
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condor.object <- condor.qscore(condor.object)


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### code chunk number 9: condor.Rnw:75-78
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q_women <- condor.object$qscores$red.qscore
core_stats <- condor.core.enrich(test_nodes=c("Alice","Mary"),
                                 q=q_women,perm=TRUE,plot.hist=TRUE)


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### code chunk number 10: condor.Rnw:82-85
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data(small1976)
condor.object <- create.condor.object(small1976)
condor.object <- condor.cluster(condor.object, project=F)


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### code chunk number 11: condor.Rnw:88-89
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condor.plot.heatmap(condor.object)