data-raw/metal_list.R

In jpquast/protti: Bottom-Up Proteomics and LiP-MS Quality Control and Data Analysis Tools

# Creating a list of all metals
# Also includes metalloids that are specifically designated as such in the type columns

metal_list <- data.frame(
  atomic_number = c(
    3,
    4,
    5,
    11,
    12,
    13,
    14,
    19,
    20,
    21,
    22,
    23,
    24,
    25,
    26,
    27,
    28,
    29,
    30,
    31,
    32,
    33,
    37,
    38,
    39,
    40,
    41,
    42,
    43,
    44,
    45,
    46,
    47,
    48,
    49,
    50,
    51,
    52,
    55,
    56,
    57,
    58,
    59,
    60,
    61,
    62,
    63,
    64,
    65,
    66,
    67,
    68,
    69,
    70,
    71,
    72,
    73,
    74,
    75,
    76,
    77,
    78,
    79,
    80,
    81,
    82,
    83,
    84,
    85,
    87,
    88,
    89,
    90,
    91,
    92,
    93,
    94,
    95,
    96,
    97,
    98,
    99,
    100,
    101,
    102,
    103,
    104,
    105,
    106,
    107,
    108,
    109,
    110,
    111,
    112,
    113,
    114,
    115,
    116
  ),
  symbol = c(
    "Li",
    "Be",
    "B",
    "Na",
    "Mg",
    "Al",
    "Si",
    "K",
    "Ca",
    "Sc",
    "Ti",
    "V",
    "Cr",
    "Mn",
    "Fe",
    "Co",
    "Ni",
    "Cu",
    "Zn",
    "Ga",
    "Ge",
    "As",
    "Rb",
    "Sr",
    "Y",
    "Zr",
    "Nb",
    "Mo",
    "Tc",
    "Ru",
    "Rh",
    "Pd",
    "Ag",
    "Cd",
    "In",
    "Sn",
    "Sb",
    "Te",
    "Cs",
    "Ba",
    "La",
    "Ce",
    "Pr",
    "Nd",
    "Pm",
    "Sm",
    "Eu",
    "Gd",
    "Tb",
    "Dy",
    "Ho",
    "Er",
    "Tm",
    "Yb",
    "Lu",
    "Hf",
    "Ta",
    "W",
    "Re",
    "Os",
    "Ir",
    "Pt",
    "Au",
    "Hg",
    "Tl",
    "Pb",
    "Bi",
    "Po",
    "At",
    "Fr",
    "Ra",
    "Ac",
    "Th",
    "Pa",
    "U",
    "Np",
    "Pu",
    "Am",
    "Cm",
    "Bk",
    "Cf",
    "Es",
    "Fm",
    "Md",
    "No",
    "Lr",
    "Rf",
    "Db",
    "Sg",
    "Bh",
    "Hs",
    "Mt",
    "Ds",
    "Rg",
    "Cn",
    "Nh",
    "Fl",
    "Mc",
    "Lv"
  ),
  name = c(
    "Lithium",
    "Beryllium",
    "Boron",
    "Sodium",
    "Magnesium",
    "Aluminum",
    "Silicon",
    "Potassium",
    "Calcium",
    "Scandium",
    "Titanium",
    "Vanadium",
    "Chromium",
    "Manganese",
    "Iron",
    "Cobalt",
    "Nickel",
    "Copper",
    "Zinc",
    "Gallium",
    "Germanium",
    "Arsenic",
    "Rubidium",
    "Strontium",
    "Yttrium",
    "Zirconium",
    "Niobium",
    "Molybdenum",
    "Technetium",
    "Ruthenium",
    "Rhodium",
    "Palladium",
    "Silver",
    "Cadmium",
    "Indium",
    "Tin",
    "Antimony",
    "Tellurium",
    "Cesium",
    "Barium",
    "Lanthanum",
    "Cerium",
    "Praseodymium",
    "Neodymium",
    "Promethium",
    "Samarium",
    "Europium",
    "Gadolinium",
    "Terbium",
    "Dysprosium",
    "Holmium",
    "Erbium",
    "Thulium",
    "Ytterbium",
    "Lutetium",
    "Hafnium",
    "Tantalum",
    "Tungsten",
    "Rhenium",
    "Osmium",
    "Iridium",
    "Platinum",
    "Gold",
    "Mercury",
    "Thallium",
    "Lead",
    "Bismuth",
    "Polonium",
    "Astatine",
    "Francium",
    "Radium",
    "Actinium",
    "Thorium",
    "Protactinium",
    "Uranium",
    "Neptunium",
    "Plutonium",
    "Americium",
    "Curium",
    "Berkelium",
    "Californium",
    "Einsteinium",
    "Fermium",
    "Mendelevium",
    "Nobelium",
    "Lawrencium",
    "Rutherfordium",
    "Dubnium",
    "Seaborgium",
    "Bohrium",
    "Hassium",
    "Meitnerium",
    "Darmstadtium",
    "Roentgenium",
    "Copernicium",
    "Nihonium",
    "Flerovium",
    "Moscovium",
    "Livermorium"
  ),
  type = c(
    "metal",
    "metal",
    "metalloid",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metalloid",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metalloid",
    "metalloid",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metalloid",
    "metalloid",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metalloid",
    "metalloid",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal",
    "metal"
  ),
  chebi_id = c(
    "30145",
    "30501",
    "27560",
    "26708",
    "25107",
    "28984",
    "27573",
    "26216",
    "22984",
    "33330",
    "33341",
    "27698",
    "28073",
    "18291",
    "18248",
    "27638",
    "28112",
    "28694",
    "27363",
    "49631",
    "30441",
    "27563",
    "33322",
    "33324",
    "33331",
    "33342",
    "33344",
    "28685",
    "33353",
    "30682",
    "33359",
    "33363",
    "30512",
    "22977",
    "30430",
    "27007",
    "30513",
    "30452",
    "30514",
    "32594",
    "33336",
    "33369",
    "49828",
    "33372",
    "33373",
    "33374",
    "32999",
    "33375",
    "33376",
    "33377",
    "49648",
    "33379",
    "33380",
    "33381",
    "33382",
    "33343",
    "33348",
    "27998",
    "49882",
    "30687",
    "49666",
    "33364",
    "29287",
    "25195",
    "30440",
    "25016",
    "33301",
    "33313",
    "30415",
    "33323",
    "33325",
    "33337",
    "33385",
    "33386",
    "27214",
    "33387",
    "33388",
    "33389",
    "33390",
    "33391",
    "33392",
    "33393",
    "33394",
    "33395",
    "33396",
    "33397",
    "33346",
    "33349",
    "33351",
    "33355",
    "33357",
    "33361",
    "33367",
    "33368",
    "33517",
    NA,
    NA,
    NA,
    NA
  )
)

usethis::use_data(metal_list, overwrite = TRUE)