R/environnement.R

In maous1/Pandem2simulator: Data simulator for Pandem2

#' La fonction génére un environnement conda pour l'utilisation des outils nextclade et ncbi datasets
#'
#' @param prefix
#'
#' @return
#' @export
#' @import reticulate
#' @examplesa

environnement <- function(prefix) {
  conda_create(envname = paste0("./", prefix))
  conda_install(envname = paste0("./", prefix), packages = "conda")
  conda_install(envname = paste0("./", prefix), forge = T, packages = "ncbi-datasets-cli", version = "13.28.1")
  conda_install(envname = paste0("./", prefix), packages = "nextclade", channel = "bioconda", version = "2.2.0")
}