R/gera-series-vacinas-cadastro.R

In mellohenrique/codeplan.boletim2: Gerador dos dados do Boletim da Codeplan

#' @title Gera dados de series segundo a base de cadastro
#'
#' @description Avalia os dados de cadastro e vacinacao do SUS e gera uma media movel de casos, obitos, imunizacao e primeira doses por faixa etaria
#'
#' @param dados_vacinas um data.frame ou data.table com dados de vacinacao do DataSus
#' @inheritParams gera_series
#'
#' @return um data.table com os dados as medias móveis de casos e obitos segundo dados de cadastro e de imunizacao e primeira dose segundo os dados do DataSus
#'
#' @import data.table


gera_series_vacinas_cadastro = function(dados_cadastro, dados_vacinas){
  # Conformando ao tipo data.table
  dados_cadastro = transforma_dt(dados_cadastro)
  dados_vacinas = transforma_dt(dados_vacinas)

  # Gerando series de cadastro
  lista_cadastro = lapply(list(15:29, 30:59, 60:200), function(x) {codeplan.boletim2:::gera_series_cadastro(dados_cadastro, x)})

  # Gerando series de vacinas
  lista_vacinacao = lapply(list(15:29, 30:59, 60:200), function(x) {codeplan.boletim2:::gera_series_vacinas(dados_vacinas, x)})

  # Gerando base dos dados, limitando dados a 2021
  base = lista_cadastro[[1]][, data := as.Date(data)][data > as.Date("2020-12-31"), ]

  # Unindo bases de cadastro
  ## Une dados para faixa etaria de 30 a 59 anos
  base[lista_cadastro[[2]][, data := as.Date(data)],
       `:=`(mm_casos_3059 = mm_casos_3059,
            mm_obitos_3059 = mm_obitos_3059),
       on = "data"]

  ## Une dados para faixa etaria de 60 anos ou mais
  base[lista_cadastro[[3]][, data := as.Date(data)],
       `:=`(mm_casos_60 = mm_casos_60,
            mm_obitos_60 = mm_obitos_60),
       on = "data"]

  # Unindo bases de vacinas
  ## Une dados para faixa etaria de 15 a 29 anos
  base[lista_vacinacao[[1]],
       `:=`(prim_dose_29 = prim_dose_29,
            imunizados_29 = imunizados_29),
       on = "data"]

  ## Une dados para faixa etaria de 30 a 59 anos
  base[lista_vacinacao[[2]],
       `:=`(prim_dose_3059 = prim_dose_3059,
            imunizados_3059 = imunizados_3059),
       on = "data"]

  ## Une dados para faixa etaria de 60 anos ou mais
  base[lista_vacinacao[[3]],
       `:=`(prim_dose_60 = prim_dose_60,
            imunizados_60 = imunizados_60),
       on = "data"]

  # Retorna resultados
  return(base)
  base
}