R/gera-series.R

In mellohenrique/codeplan.boletim2: Gerador dos dados do Boletim da Codeplan

#' @title Gera serie de casos e obitos do DF
#'
#' @description Avalia os dados de vacinacao do Data Sus e gera um data.table com as informacoes de vacinanacao por idade no Distrito Federal
#'
#' @param dados_ms_df data.frame com dados do MS de Covid-19 para o DF
#' @param dados_ssp data.frame com os dados de covid-19 por cadastro da SSP-DF
#' @param dados_ssp data.frame dcom dados de covid-19 por primeiros sintomas da SSP-DF
#' @return um data.table com os dados de vacina por idade do Distrito Federal
#'
#' @import data.table

gera_series = function(dados_ms_df, dados_ssp){
  # Conformando ao tipo data.table
  dados_ms_df = transforma_dt(dados_ms_df)
  dados_ssp = transforma_dt(dados_ssp)

  # Gerando tabela com as datas consideradas
  datas = data.table(data = seq(as.Date(min(dados_ssp$primeiros_sintomas, na.rm = TRUE)),
                                as.Date(max(dados_ms_df$data, na.rm = TRUE)),
                                by = "day"))

  # Calculando a media movel de casos
  casos = rbind(
    gera_media_movel(dados_ssp, datas = datas, medida = "cadastro")[,fonte := "Data do Cadastro"],
    gera_media_movel(dados_ssp, datas = datas, medida = "primeiros_sintomas")[,fonte := "Data dos Primeiros Sintomas"])

  # Calculando a media movel de obitos
  obitos = rbind(
    gera_media_movel(dados_ssp, datas = datas, medida = "data_obito")[,fonte := "Data do Óbito"],
    gera_media_movel(dados_ms_df, datas = datas, medida = "data_obito", ms = TRUE)[,fonte := "Data de Notificação"])

  # Definindo lista para armazenar resultados
  dados = list(
    obitos = obitos,
    casos = casos
  )

  # Retornando resultados
  return(dados)
}