README.md

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

nkbcind

Verktyg för beräkning av kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik för Nationellt kvalitetsregister från bröstcancer (NKBC).

Detta R-paket är en central plats för definition, implementering och dokumentation av beräkning av kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC i alla utdata-kanaler.

• Användning på INCA-plattformen tillsammans med R-paketet nkbcgeneral
  • Onlinerapporter innanför inloggning på INCA-plattformen med R-paketet rccShiny
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/ (RCC-internt kodförråd)
  • NKBC Koll på läget (KPL), med R-paketet rccKPL
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/ (RCC-internt kodförråd)
  • NKBC Vården i siffror, med R-paketet incavis
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/ (RCC-internt kodförråd)
• Användning lokalt på RCC Stockholm-Gotland tillsammans med R-paketet nkbcgeneral
  • Framtagande av NKBC Interaktiva Årsrapport med R-paketet rccShiny
    • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny (publikt kodförråd)

Jfr https://www.cancercentrum.se/samverkan/vara-uppdrag/statistik/kvalitetsregisterstatistik/

Installation

if (!requireNamespace("remotes")) {
  install.packages("remotes")
}

remotes::install_bitbucket("cancercentrum/nkbcind")

Användning

library(dplyr)
library(tidyr)
library(stringr)
library(forcats)
library(lubridate)
library(nkbcgeneral)
library(nkbcind)

Läs in ögonblicksbild av NKBC exporterad från INCA.

load(
  file.path(Sys.getenv("BRCA_DATA_DIR"), "2022-09-02", "nkbc_nat_avid 2022-09-02 07-08-17.RData")
)

Generell förbearbetning av NKBC-data.

df_main <- df %>%
  mutate(across(where(is.factor), as.character)) %>%
  rename_with(
    str_replace, ends_with("_Värde"),
    pattern = "_Värde", replacement = "_Varde"
  ) %>%
  nkbcgeneral::clean_nkbc_data() %>%
  nkbcgeneral::mutate_nkbc_d_vars() %>%
  mutate_nkbcind_d_vars() %>%
  mutate(period = year(a_diag_dat)) %>%
  filter(period %in% 2008:2021)

Jämför med generell förbearbetning i utdata-kanalerna

• NKBC interaktiva årsrapport
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny/src/2020.2/main.R#lines-35
• NKBC onlinerapporter innanför inloggning på INCA
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/src/2022-05-13/d_nkbc_nat_avid.R#lines-29
• NKBC Koll på läget (KPL)
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/src/2022-05-16/nkbc_kpl_omvkir.R#lines-64\ som använder cashat resultat av sub/basmallen d_nkbc_nat_avid, se ovan
• NKBC Vården i siffror
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/src/2021-10-19/nkbc_vis_diag_screening_01.R#lines-47\ som använder cashat resultat av sub/basmallen d_nkbc_nat_avid, se ovan

Exempel: Screeningupptäckt bröstcancer

outcomeTitle(nkbc01)
#> $sv
#> [1] "Screeningupptäckt bröstcancer"
textBeforeSubtitle(nkbc01)
#>                                                      sv 
#> "Bland kvinnliga fall i åldrarna 40–74 år vid diagnos."

Specifik databearbetning för kvalitetsindikatorn "Screeningupptäckt bröstcancer" (nkbc01).

df_tmp <- df_main %>%
  filter_pop(nkbc01)() %>%
  mutate_outcome(nkbc01)()

Jämför med specifik databearbetning i utdata-kanalerna

• NKBC interaktiva årsrapport
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny/src/2021.2/main.R#lines-141
• NKBC onlinerapporter innanför inloggning på INCA
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/src/2022-05-13/nkbc-rccShiny-generisk-dm.R#lines-117
• NKBC Koll på läget (KPL)
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/src/2021-09-20/nkbc_kpl_omvkir.R#lines-130
• NKBC Vården i siffror
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/src/2021-10-19/nkbc_vis_diag_screening_01.R#lines-47

Titta på bearbeatad data.

df_tmp %>%
  mutate(across(any_of("KON_VALUE"), as.factor)) %>%
  mutate(across(ends_with("_Varde"), as.factor)) %>%
  select(KON_VALUE, a_pat_alder, a_diag_screening_Varde, outcome) %>%
  summary()
#>  KON_VALUE  a_pat_alder    a_diag_screening_Varde  outcome       
#>  2:90758   Min.   :40.00   0   :33929             Mode :logical  
#>            1st Qu.:52.00   1   :56497             FALSE:33929    
#>            Median :61.00   98  :  233             TRUE :56497    
#>            Mean   :59.97   NA's:   99             NA's :332      
#>            3rd Qu.:68.00                                         
#>            Max.   :74.00

df_tmp %>%
  select(period, outcome) %>%
  table(useNA = "ifany")
#>       outcome
#> period FALSE TRUE <NA>
#>   2008  2552 3123   37
#>   2009  2428 3243   39
#>   2010  2389 3831   45
#>   2011  2528 3915   32
#>   2012  2336 4091   27
#>   2013  2351 4265   36
#>   2014  2399 4355   44
#>   2015  2381 4206   19
#>   2016  2392 4098   16
#>   2017  2367 4394   10
#>   2018  2357 4259   10
#>   2019  2481 4459    6
#>   2020  2431 3794    9
#>   2021  2537 4464    2

Jfr https://statistik.incanet.se/brostcancer/ > Diagnostik > Screeningupptäckt bröstcancer

oc1lojo/nkbcind documentation built on Sept. 30, 2022, 10:06 p.m.