tests/testthat/test-aggregateData.R

In sachseka/eatPrep: Prepare Data for IRT Analyses

test_that("aggregateData aggregates data", {
  datRec <- recodeData(inputDat[[1]][ , -c(1,2)], inputList$values, inputList$subunits)
  datRec <- datRec[1:5, colnames(datRec) %in% c("I12aR", "I12bR", "I12cR")]

  am <- matrix(c(
    "vc" , "mvi", "vc" , "mci", "err", "vc" , "mbi", "err",
    "mvi", "mvi", "err", "mci", "err", "err", "err", "err",
    "vc" , "err", "mnr", "mci", "err", "mir", "mnr", "err",
    "mci", "mci", "mci", "mci", "err", "mci", "mci", "err",
    "err", "err", "err", "err", "mbd", "err", "err", "err",
    "vc" , "err", "mir", "mci", "err", "mir", "mir", "err",
    "mbi", "err", "mnr", "mci", "err", "mir", "mbi", "err",
    "err", "err", "err", "err", "err", "err", "err", "err" ),
    nrow = 8, ncol = 8, byrow = TRUE)

  dimnames(am) <-
    list(c("vc" ,"mvi", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"),
         c("vc" ,"mvi", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"))

  subunits <- inputList$subunits
  datAgg <- aggregateData(datRec, subunits, inputList$units, am)
  expect_equal(datAgg, data.frame(I12 = c(2, "mbi", 1, 2, 3)))})

test_that("aggregateData recognizes unsupported missing types in data", {
  datRec <- recodeData(inputDat[[1]][ , -c(1,2)], inputList$values, inputList$subunits)
  datRec <- datRec[ , colnames(datRec) %in% c("I12aR", "I12bR", "I12cR")]
  datRec[1, 1] <- "fim"

  am <- matrix(c(
    "vc" , "mvi", "vc" , "mci", "err", "vc" , "mbi", "err",
    "mvi", "mvi", "err", "mci", "err", "err", "err", "err",
    "vc" , "err", "mnr", "mci", "err", "mir", "mnr", "err",
    "mci", "mci", "mci", "mci", "err", "mci", "mci", "err",
    "err", "err", "err", "err", "mbd", "err", "err", "err",
    "vc" , "err", "mir", "mci", "err", "mir", "mir", "err",
    "mbi", "err", "mnr", "mci", "err", "mir", "mbi", "err",
    "err", "err", "err", "err", "err", "err", "err", "err" ),
    nrow = 8, ncol = 8, byrow = TRUE)

  dimnames(am) <-
    list(c("vc" ,"mvi", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"),
         c("vc" ,"mvi", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"))

  subunits <- inputList$subunits
  expect_error(aggregateData(datRec, subunits, inputList$units, am))
})


test_that("aggregateData recognizes unsupported missing types in aggregatemissings", {
  datRec <- recodeData(inputDat[[1]][ , -c(1,2)], inputList$values, inputList$subunits)
  datRec <- datRec[ , colnames(datRec) %in% c("I12aR", "I12bR", "I12cR")]

  am <- matrix(c(
    "fom" , "mvi", "vc" , "mci", "err", "vc" , "mbi", "err",
    "mvi", "mvi", "err", "mci", "err", "err", "err", "err",
    "vc" , "err", "mnr", "mci", "err", "mir", "mnr", "err",
    "mci", "mci", "mci", "mci", "err", "mci", "mci", "err",
    "err", "err", "err", "err", "mbd", "err", "err", "err",
    "vc" , "err", "mir", "mci", "err", "mir", "mir", "err",
    "mbi", "err", "mnr", "mci", "err", "mir", "mbi", "err",
    "err", "err", "err", "err", "err", "err", "err", "err" ),
    nrow = 8, ncol = 8, byrow = TRUE)

  dimnames(am) <-
    list(c("fam" ,"mvi", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"),
         c("fam" ,"mvi", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"))

  subunits <- inputList$subunits
  expect_error(aggregateData(datRec, subunits, inputList$units, am))
})

# not necessary anymore
# test_that("aggregateData checks whether all standard missing codes are specified in aggregatemissings", {
#   datRec <- recodeData(inputDat[[1]][ , -c(1,2)], inputList$values, inputList$subunits)
#   datRec <- datRec[ , colnames(datRec) %in% c("I12aR", "I12bR", "I12cR")]
#
#   am <- matrix(c(
#     "vc" , "vc" , "mci", "err", "vc" , "mbi", "err",
#     "vc" , "mnr", "mci", "err", "mir", "mnr", "err",
#     "mci", "mci", "mci", "err", "mci", "mci", "err",
#     "err", "err", "err", "mbd", "err", "err", "err",
#     "vc" , "mir", "mci", "err", "mir", "mir", "err",
#     "mbi", "mnr", "mci", "err", "mir", "mbi", "err",
#     "err", "err", "err", "err", "err", "err", "err" ),
#     nrow = 7, ncol = 7, byrow = TRUE)
#
#   dimnames(am) <-
#     list(c("vc", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"),
#          c("vc", "mnr", "mci",  "mbd", "mir", "mbi", "err"))
#
#   subunits <- inputList$subunits
#   expect_warning(aggregateData(datRec, subunits, inputList$units, am))
# })