tests/testthat/_snaps/kinship.md

In sinnweja/kinship2: Pedigree Functions

kinship works with X chromosoms

Code
  kinship(ped2)
Output
         1     2      3      4     5     6       7       8       9      10
  1  0.500 0.000 0.2500 0.2500 0.000 0.000 0.12500 0.12500 0.12500 0.12500
  2  0.000 0.500 0.2500 0.2500 0.000 0.000 0.12500 0.12500 0.12500 0.12500
  3  0.250 0.250 0.5000 0.2500 0.000 0.000 0.25000 0.12500 0.12500 0.18750
  4  0.250 0.250 0.2500 0.5000 0.000 0.000 0.12500 0.25000 0.25000 0.18750
  5  0.000 0.000 0.0000 0.0000 0.500 0.000 0.25000 0.00000 0.00000 0.12500
  6  0.000 0.000 0.0000 0.0000 0.000 0.500 0.00000 0.25000 0.25000 0.12500
  7  0.125 0.125 0.2500 0.1250 0.250 0.000 0.50000 0.06250 0.06250 0.28125
  8  0.125 0.125 0.1250 0.2500 0.000 0.250 0.06250 0.50000 0.50000 0.28125
  9  0.125 0.125 0.1250 0.2500 0.000 0.250 0.06250 0.50000 0.50000 0.28125
  10 0.125 0.125 0.1875 0.1875 0.125 0.125 0.28125 0.28125 0.28125 0.53125

Code
  kinship(ped2, chr = "X")
Output
        1    2     3      4     5 6      7      8      9     10
  1  1.00 0.00 0.000 0.5000 0.000 0 0.0000 0.5000 0.5000 0.2500
  2  0.00 0.50 0.500 0.2500 0.000 0 0.2500 0.2500 0.2500 0.2500
  3  0.00 0.50 1.000 0.2500 0.000 0 0.5000 0.2500 0.2500 0.3750
  4  0.50 0.25 0.250 0.5000 0.000 0 0.1250 0.5000 0.5000 0.3125
  5  0.00 0.00 0.000 0.0000 0.500 0 0.2500 0.0000 0.0000 0.1250
  6  0.00 0.00 0.000 0.0000 0.000 1 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
  7  0.00 0.25 0.500 0.1250 0.250 0 0.5000 0.1250 0.1250 0.3125
  8  0.50 0.25 0.250 0.5000 0.000 0 0.1250 1.0000 1.0000 0.5625
  9  0.50 0.25 0.250 0.5000 0.000 0 0.1250 1.0000 1.0000 0.5625
  10 0.25 0.25 0.375 0.3125 0.125 0 0.3125 0.5625 0.5625 0.5625

sinnweja/kinship2 documentation built on July 8, 2023, 11:26 p.m.