malia:

#run.optim.c
run.optim.c<-function(inits=NULL,mdspec,x,z,LB=log(0.01),UB=log(100),
                      init.para=NULL,ninter=20,maxsear=100,maxopt=10^5,
                      para.scale=0.05){
 if(F){
   LB<-log(0.01)
   UB<-log(100)
   init.para<-NULL
   ninter<-20
   maxsear<-100
   maxopt<-10^5
   para.scale<-para.scale
 }#IF
  nll<-mdspec$NLL
  if(is.null(inits)){
    n.neo.para<-nrow(mdspec$cov.link)
    inits<-rep(0,n.neo.para)
  }#if(is.null(inits))
  n.inits<-length(inits)
  if(is.null(init.para))init.para<-rep(5,n.inits)
  LB.para<-rep(LB,n.inits)
  UB.para<-rep(UB,n.inits)
  #inits.res<-inits.searcher2(nll,LB.para,UB.para,nit=ninter,maxit=maxsear,mdspec=mdspec,x=x,z=z)
  inits.res<-inits.searcher3(nll,LB.para,UB.para,init.para,nit=ninter,maxit=maxsear,mdspec=mdspec,x=x,z=z)
  raw.est<-optim(inits.res,nll,mdspec=mdspec,x=x,z=z,method="BFGS",
                 control=list(trace=1,parscale=rep(para.scale,n.inits),maxit=maxopt),hessian=T)
  raw.est
}#run.optim.c