R/nbFilter.R

In ybkamaleri/nbReg: Resultattjeneste for Barnediabetesregisteret (BDR)

##' Filtrer datasett til videre analyser
##'
##' Produserer et datasett basert på utvalgte parametrer før videre analyser
##' eller visualisering.
##'
##' @note \code{dbFile} og \code{dbClean} funksjoner er kjørt før datasettet
##' blir brukt på denne funksjonen
##'
##' @param minAlder Minimum alder
##' @param maxAlder Maksimum alder
##' @param datoFra Tidligste dato i utvalget
##' @param datoTil Seneste dato i utvalget
##' @param kjonn Kjønn
##' @param dbType Diabetes type
##' @param dataValg Valg av data f.eks. Førstegangsregister, Årskontroll etc
##' @return List datasett
##' @details Denne funksjonen produserer disse datasetter:
##' \itemize{
##'  \item \code{fileSelect} {Utvalgte parametre for filtrering}
##'  \item \code{*vec} {Vektor for utvalgte parametrene}
##' }
##'
##' 
##' @export

nbFilter <- function(minAlder = NULL, maxAlder = NULL, datoFra = NULL, datoTil = NULL,
                     kjonn = NULL, dbType = NULL, dataValg = NULL) {

    
    ## Ifelse %||%
    "%||%" <- function(a,b) if (!is.null(a)) a else b

    ## Omdefinere variabel
    minAlder <- minAlder %||% MinAlder
    maxAlder <- maxAlder %||% MaxAlder
    datoFra <- datoFra %||% DatoFra
    datoTil <- datoTil %||% DatoTil
    kjonn <- kjonn %||% Kjonn
    dbType <- dbType %||% DBType
    dataValg <- dataValg %||% DataValg
    
    ## Alder
    alderVec = minAlder:maxAlder
    
    ## Kjonn
    kjonnVec <- if (kjonn %in% 1:2) {kjonn} else { kjonnVec = 1:2 }

    ## Dato (datoFra, datoTil)
    datoVec <- seq(as.Date(datoFra, format = "%Y-%m-%d", origin = "1899-12-30"),
                   as.Date(datoTil, format = "%Y-%m-%d", origin = "2899-12-30"), "day")

    ## Diabetes type 1
    diaVec <- if (dbType == 1) {dbType} else {diaVec = 1:2}
    
    ## Registrering (dataValg) Førstegangreg, årskontroll, poliklinisk etc
    regVec <- if (dataValg %in% 1:3) {dataValg} else {regVec <- 1:3}

    fileSelect <- lazyeval::interp(~var1 %in% alderVec &
                                       var2 %in% kjonnVec &
                                       var3 %in% datoVec &
                                       var4 %in% regVec &
                                       var5 %in% diaVec,
                                   .values = list(var1 = as.name("Alder"),
                                                  var2 = as.name("kjonn"),
                                                  var3 = as.name("innYear"),
                                                  var4 = as.name("regValg"),
                                                  var5 = as.name("diaType1")))

    utData <- list(alderVec = alderVec, kjonnVec = kjonnVec, datoVec = datoVec,
                   diaVec = diaVec, regVec = regVec, fileSelect = fileSelect)
    
    return(invisible(utData))
}