HDPenReg: High-Dimensional Penalized Regression

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Algorithms for lasso and fused-lasso problems: implementation of the lars algorithm for lasso and fusion penalization and EM-based algorithms for (logistic) lasso and fused-lasso penalization.

Author
Quentin Grimonprez [aut, cre], Serge Iovleff [aut]
Date of publication
2016-01-26 10:11:56
Maintainer
Quentin Grimonprez <quentin.grimonprez@inria.fr>
License
GPL (>= 2)
Version
0.93.1

View on R-Forge

Man pages

coeff
get coefficients at a given step.
coef.LarsPath
Compute coefficients
computeCoefficients
Compute coefficients
EMcvfusedlasso
cross validation for EM fused-lasso
EMcvlasso
cross validation for 'EMlasso'
EMfusedlasso
EM algorithm for fused-lasso penalty
EMlasso
EM algorithm for lasso penalty
HDcvlars
cross validation
HDfusion
Fusion algorithm
HDlars
Lars algorithm
HDPenReg-package
Algorithms for lasso and fused-lasso problems.
LarsPath-class
Constructor of LarsPath class
listToMatrix
List to sparse matrix conversion
plotCoefficient
Plot of coefficients
plot.HDcvlars
plot cross validation mean square error
plot-methods
plot methods for LarsPath object
predict.LarsPath
Prediction of response
simul
Simulate copy number data for a case-control study.

Files in this package

HDPenReg/DESCRIPTION
HDPenReg/NAMESPACE
HDPenReg/NEWS
HDPenReg/R
HDPenReg/R/EM.R
HDPenReg/R/HDPenReg-package.R
HDPenReg/R/LarsPath.R
HDPenReg/R/cvEM.R
HDPenReg/R/cvlars.R
HDPenReg/R/lars.R
HDPenReg/R/predict.R
HDPenReg/R/simulation.R
HDPenReg/build
HDPenReg/build/vignette.rds
HDPenReg/cleanup
HDPenReg/inst
HDPenReg/inst/doc
HDPenReg/inst/doc/HDPenReg.R
HDPenReg/inst/doc/HDPenReg.Rnw
HDPenReg/inst/doc/HDPenReg.pdf
HDPenReg/man
HDPenReg/man/EMcvfusedlasso.Rd
HDPenReg/man/EMcvlasso.Rd
HDPenReg/man/EMfusedlasso.Rd
HDPenReg/man/EMlasso.Rd
HDPenReg/man/HDPenReg-package.Rd
HDPenReg/man/HDcvlars.Rd
HDPenReg/man/HDfusion.Rd
HDPenReg/man/HDlars.Rd
HDPenReg/man/LarsPath-class.Rd
HDPenReg/man/coef.LarsPath.Rd
HDPenReg/man/coeff.Rd
HDPenReg/man/computeCoefficients.Rd
HDPenReg/man/listToMatrix.Rd
HDPenReg/man/plot-methods.Rd
HDPenReg/man/plot.HDcvlars.Rd
HDPenReg/man/plotCoefficient.Rd
HDPenReg/man/predict.LarsPath.Rd
HDPenReg/man/simul.Rd
HDPenReg/src
HDPenReg/src/EMPenModels.cpp
HDPenReg/src/EMPenModels.h
HDPenReg/src/HDPenReg
HDPenReg/src/HDPenReg/EMCVmain.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/EMmain.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/Makefile
HDPenReg/src/HDPenReg/lars
HDPenReg/src/HDPenReg/lars.mk
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Cvlars.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Cvlars.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Fusion.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Fusion.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Lars.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Lars.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Path.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/Path.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/PathState.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/PathState.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/functions.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/functions.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lars/makefile
HDPenReg/src/HDPenReg/larsRmain.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels.mk
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/CV.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/CV.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/CVFusedLasso.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/CVLasso.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/EM.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/EnetSolver.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/EnetSolver.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/FusedLasso.h
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HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/FusedLassoPenalty.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/FusedLassoSolver.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/FusedLassoSolver.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/IAlgo.h
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HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/IPenalty.h
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HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LassoPenalty.h
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HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LassoSolver.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LogisticFusedLasso.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LogisticFusedLassoSolver.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LogisticFusedLassoSolver.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LogisticLasso.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LogisticLassoSolver.cpp
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/LogisticLassoSolver.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lassoModels/PenalizedModels.h
HDPenReg/src/HDPenReg/lib
HDPenReg/src/HDPenReg/lib/empty
HDPenReg/src/Makevars
HDPenReg/src/larsR.cpp
HDPenReg/src/larsR.h
HDPenReg/vignettes
HDPenReg/vignettes/HDPenReg.Rnw
HDPenReg/vignettes/HDPenReg.bib