vignette_MultOrd.R
In MultOrd: Multivariate Ordinal Regression Models

### R code from vignette source 'vignette_MultOrd.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: vignette_MultOrd.Rnw:45-50
###################################################
library(MultOrd)
data(data_multord)
#load(file.path("..", "data/data_multord.rda"))
data(data_multord_panel)
data("data_CMOR")


###################################################
### code chunk number 2: vignette_MultOrd.Rnw:387-389
###################################################
head(data_multord)
str(data_multord)


###################################################
### code chunk number 3: vignette_MultOrd.Rnw:395-396
###################################################
index = c("firmID", "raterID")


###################################################
### code chunk number 4: vignette_MultOrd.Rnw:403-404
###################################################
response.names = c("rater1", "rater2", "rater3", "defaultInd")


###################################################
### code chunk number 5: vignette_MultOrd.Rnw:408-412
###################################################
response.levels = list(c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
                       c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
                       c("D","C","B","Ba", "Baa", "A", "Aa", "Aaa"),
                       c("default", "no default"))


###################################################
### code chunk number 6: vignette_MultOrd.Rnw:431-432
###################################################
formula <- rating ~ 0 + X1 + X2 + ... + Xp


###################################################
### code chunk number 7: vignette_MultOrd.Rnw:442-443
###################################################
formula <- rating ~ 1 + X1 + X2 + ... + Xp


###################################################
### code chunk number 8: vignette_MultOrd.Rnw:446-447
###################################################
formula <- rating ~ X1 + X2 + ... + Xp


###################################################
### code chunk number 9: vignette_MultOrd.Rnw:460-461
###################################################
error.structure <- corGeneral(~ 1)


###################################################
### code chunk number 10: vignette_MultOrd.Rnw:464-465
###################################################
error.structure = corGeneral(~ f)


###################################################
### code chunk number 11: vignette_MultOrd.Rnw:469-470
###################################################
error.structure <- corEqui(~ X1 + ... + Xp)


###################################################
### code chunk number 12: vignette_MultOrd.Rnw:474-475
###################################################
error.structure = corAR1(~ 1)


###################################################
### code chunk number 13: vignette_MultOrd.Rnw:478-479
###################################################
error.structure = corAR1(~ X1 + ... + Xp)


###################################################
### code chunk number 14: vignette_MultOrd.Rnw:486-487
###################################################
error.structure = covGeneral(~ 1)


###################################################
### code chunk number 15: vignette_MultOrd.Rnw:490-491
###################################################
error.structure = covGeneral(~ f)


###################################################
### code chunk number 16: vignette_MultOrd.Rnw:559-561
###################################################
coef.constraints <- c(1,1,2,3)
coef.constraints


###################################################
### code chunk number 17: vignette_MultOrd.Rnw:566-569
###################################################
coef.constraints <- cbind(c(1,2,3,4), c(1,1,1,2), c(NA,NA,NA,1),
                          c(1,1,1,NA),c(1,2,3,4),c(1,2,3,4))
coef.constraints


###################################################
### code chunk number 18: vignette_MultOrd.Rnw:616-622
###################################################
coef.constraints <- cbind(c(1,2,3,4), c(1,1,1,2), c(NA,NA,NA,1),
                          c(1,1,1,NA), c(1,2,3,4), c(1,2,3,4))
coef.constraints
coef.values <- cbind(c(NA,NA,NA,NA), c(2,2,2,NA), c(0,0,0,NA),
                     c(NA,NA,NA,0), c(NA,NA,NA,NA), c(NA,NA,NA,NA))
coef.values


###################################################
### code chunk number 19: vignette_MultOrd.Rnw:639-640
###################################################
threshold.constraints <- c(1,2,1,3)


###################################################
### code chunk number 20: vignette_MultOrd.Rnw:658-664
###################################################
threshold.constraints <- NULL
threshold.constraints
threshold.values <- list(c(-4,NA,NA,NA,NA,4.5),
                         c(-4,NA,NA,NA,NA,4),
                         c(-5,NA,NA,NA,NA,NA,4.5),
                         c(-2.5))


###################################################
### code chunk number 21: vignette_MultOrd.Rnw:749-750
###################################################
head(data_CMOR)


###################################################
### code chunk number 22: vignette_MultOrd.Rnw:753-754
###################################################
formula <- cbind(rater1, rater2, rater3) ~ 0 + X1 + ... + Xp


###################################################
### code chunk number 23: vignette_MultOrd.Rnw:771-773
###################################################
head(data_multord)
str(data_multord)


###################################################
### code chunk number 24: vignette_MultOrd.Rnw:776-777
###################################################
formula <- rating ~ 0 + X1 + X2 + X3 + X4 + X5


###################################################
### code chunk number 25: vignette_MultOrd.Rnw:781-782
###################################################
index <- c("firmID", "raterID")


###################################################
### code chunk number 26: vignette_MultOrd.Rnw:785-786
###################################################
response.names <- c("rater1", "rater2", "rater3")


###################################################
### code chunk number 27: vignette_MultOrd.Rnw:789-792
###################################################
response.levels <- list(c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
                        c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
                        c("D","C","B","Ba", "Baa", "A", "Aa", "Aaa"))


###################################################
### code chunk number 28: vignette_MultOrd.Rnw:795-796
###################################################
error.structure <- corGeneral(~1)


###################################################
### code chunk number 29: vignette_MultOrd.Rnw:799-805
###################################################
coef.constraints <- cbind(c(1,2,2),
                          c(1,1,2),
                          c(NA,1,2),
                          c(NA,NA,NA),
                          c(1,1,2))#either a vector or a matrix
coef.constraints


###################################################
### code chunk number 30: vignette_MultOrd.Rnw:808-814
###################################################
coef.values <- cbind(c(NA,NA,NA),
                     c(NA,NA,NA),
                     c(0,NA,NA),
                     c(1,1,1),
                     c(NA,NA,NA))
coef.values


###################################################
### code chunk number 31: vignette_MultOrd.Rnw:824-826
###################################################
threshold.constraints <- c(1,1,2)
threshold.constraints


###################################################
### code chunk number 32: vignette_MultOrd.Rnw:829-830
###################################################
link <- "probit"


###################################################
### code chunk number 33: vignette_MultOrd.Rnw:833-860 (eval = FALSE)
###################################################
## res_cor <- multord(
##   formula = rating ~ 0 + X1 + X2 + X3 + X4 + X5,
##   index = c("firmID", "raterID"),
##   data = data_multord,
##   response.levels = list(c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
##                          c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
##                          c("D","C","B","Ba", "Baa", "A", "Aa", "Aaa")),
##   response.names = c("rater1", "rater2", "rater3"),
##   link = "probit",
##   error.structure = corGeneral(~1),
##   weights = NULL,
##   coef.constraints = cbind(c(1,2,2),
##                            c(1,1,2),
##                            c(NA,1,2),
##                            c(NA,NA,NA),
##                            c(1,1,2)),
##   coef.values = cbind(c(NA,NA,NA),
##                       c(NA,NA,NA),
##                       c(0,NA,NA),
##                       c(1,1,1),
##                       c(NA,NA,NA)),
##   threshold.constraints = c(1,1,2),
##   threshold.values = NULL,
##   se = TRUE,
##   start.values = NULL,
##   solver = "newuoa")#,
##                       #PL.lag = NULL) #only for corAR1


###################################################
### code chunk number 34: vignette_MultOrd.Rnw:863-864
###################################################
load(file.path("..", "vignettes/res_cor.rda"))


###################################################
### code chunk number 35: vignette_MultOrd.Rnw:866-871
###################################################
print(res_cor)
summary(res_cor)
thresholds(res_cor)
coefficients(res_cor)
get.error.struct(res_cor)


###################################################
### code chunk number 36: vignette_MultOrd.Rnw:879-880
###################################################
formula <- rating ~ 1 + X1 + X2 + X3 + X4 + X5


###################################################
### code chunk number 37: vignette_MultOrd.Rnw:884-885
###################################################
index <- c("firmID", "raterID")


###################################################
### code chunk number 38: vignette_MultOrd.Rnw:888-889
###################################################
response.names <- c("rater1", "rater2", "rater3")


###################################################
### code chunk number 39: vignette_MultOrd.Rnw:892-895
###################################################
response.levels <- list(c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
                        c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
                        c("D","C","B","Ba", "Baa", "A", "Aa", "Aaa"))


###################################################
### code chunk number 40: vignette_MultOrd.Rnw:898-899
###################################################
error.structure <- covGeneral(~1)


###################################################
### code chunk number 41: vignette_MultOrd.Rnw:903-907
###################################################
threshold.values = list(c(-4,NA,NA,NA,NA,4.5),
                        c(-4,NA,NA,NA,NA,4),
                        c(-5,NA,NA,NA,NA,NA,4.5))
threshold.values


###################################################
### code chunk number 42: vignette_MultOrd.Rnw:910-911
###################################################
link <- "probit"


###################################################
### code chunk number 43: vignette_MultOrd.Rnw:914-934 (eval = FALSE)
###################################################
## res_cov <- multord(
##   formula = rating ~ 1 + X1 + X2 + X3 + X4 + X5,
##   index = c("firmID", "raterID"),
##   data = data_multord,
##   response.levels = list(c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
##                          c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA"),
##                          c("D","C","B","Ba", "Baa", "A", "Aa", "Aaa")),
##   response.names = c("rater1", "rater2", "rater3"),
##   link = "probit",
##   error.structure = covGeneral(~1),
##   weights = NULL,
##   coef.constraints = NULL,
##   coef.values = NULL,
##   threshold.constraints = NULL,
##   threshold.values = list(c(-4,NA,NA,NA,NA,4.5),
##                           c(-4,NA,NA,NA,NA,4),
##                           c(-5,NA,NA,NA,NA,NA,4.5)),
##   se = TRUE,
##   start.values = NULL,
##   solver = "newuoa")#, PL.lag = NULL)


###################################################
### code chunk number 44: vignette_MultOrd.Rnw:937-938
###################################################
load(file.path("..", "vignettes/res_cov.rda"))


###################################################
### code chunk number 45: vignette_MultOrd.Rnw:941-946
###################################################
print(res_cov)
summary(res_cov)
thresholds(res_cov)
coefficients(res_cov)
get.error.struct(res_cov)


###################################################
### code chunk number 46: vignette_MultOrd.Rnw:952-954
###################################################
head(data_multord_panel)
str(data_multord_panel)


###################################################
### code chunk number 47: vignette_MultOrd.Rnw:957-958
###################################################
formula <- rating ~ 0 + X1 + X2 + X3 + X4 + X5


###################################################
### code chunk number 48: vignette_MultOrd.Rnw:962-963
###################################################
index <- c("firmID", "year")


###################################################
### code chunk number 49: vignette_MultOrd.Rnw:966-967
###################################################
response.names <- c(2001:2005)


###################################################
### code chunk number 50: vignette_MultOrd.Rnw:970-971
###################################################
response.levels <- rep(list(c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA")), 5)


###################################################
### code chunk number 51: vignette_MultOrd.Rnw:974-975
###################################################
error.structure <- corAR1(~X6)


###################################################
### code chunk number 52: vignette_MultOrd.Rnw:978-979
###################################################
link <- "probit"


###################################################
### code chunk number 53: vignette_MultOrd.Rnw:983-999 (eval = FALSE)
###################################################
## res_AR1 <- multord(
##   formula = rating ~ 0 + X1 + X2 + X3 + X4 + X5,
##   index = c("firmID", "year"),
##   data = data_multord_panel,
##   response.levels = rep(list(c("C","B","BB", "BBB", "A", "AA", "AAA")), 5),
##   response.names = c(2001:2005),
##   link = "probit",
##   error.structure = corAR1(~1),
##   weights = NULL,
##   coef.constraints = NULL,
##   coef.values = NULL,
##   threshold.constraints = NULL,
##   threshold.values = NULL,
##   se = TRUE,
##   start.values = NULL,
##   solver = "newuoa")#, PL.lag = NULL)


###################################################
### code chunk number 54: vignette_MultOrd.Rnw:1002-1003
###################################################
load(file.path("..", "vignettes/res_AR1.rda"))


###################################################
### code chunk number 55: vignette_MultOrd.Rnw:1005-1012
###################################################
print(res_AR1)
summary(res_AR1)
thresholds(res_AR1)
coefficients(res_AR1)
get.error.struct(res_AR1)
head(get.error.struct(res_AR1, type = "r"))
head(get.error.struct(res_AR1, type = "sigmas"))