Nothing
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### code chunk: Chap19mer_init: Panels R19.1 - R19.7.
### code for panels R19.8 - R19.13 is stored in ../Ch19.R
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options(digits = 5, show.signif.stars = FALSE)
packageVersion("nlmeU")
sessionInfo()
require(nlme)
require(lattice)
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### code chunk: R19.1
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data(fcat, package = "nlmeU")
opts <- options() # Global options saved
options(contrasts = # Default contrasts changed
c("contr.sum", "contr.poly"))
options("contrasts") # Changes verified
fm19.1 <- # M19.1: (19.1)
lm(scorec ~ id + target, data = fcat)
formula(fm19.1)
length(beta <- coef(fm19.1))
beta[c(1:20, 535:547)]
options(opts) # Global options restored
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### code chunk: R19.2a
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fxd <- coef(fm19.1)
idx <- substr(names(fxd), 1, 2) == "id" # Logical vector
names(fxi <- fxd[idx])
(fxd.id <- c(fxi, "id539" = -sum(fxi))) # beta_2,s
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### code chunk: R19.2b
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idx <- substr(names(fxd), 1, 6) == "target"
names(fxi <- fxd[idx])
(fxd.trgt <- c(fxi, "target9" = -sum(fxi))) # beta_1,t
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### code chunk: R19.3
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library(lme4.0)
system.time(
fm19.2mer <- lmer(scorec ~ (1|target) + (1|id),
data=fcat)
)
fm19.2mer # M19.2: (19.2)
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### code chunk: R19.4
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summ.merFit <- summary(fm19.2mer) # Summary of the model-fit
isREML(fm19.2mer) # REML used?
(cl <- getCall(summ.merFit)) # Function call
cl$data # The name of data frame
formula(fm19.2mer) # Formula
fixef(fm19.2mer) # beta
coef(summ.merFit) #
(VCorr <- unlist(VarCorr(fm19.2mer))) # d_S, d_T
sigma(fm19.2mer) # sigma
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### code chunk: R19.5
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rnf <- ranef(fm19.2mer) # ranef.mer-class object
names(rnf)
length(plx <- plot(rnf)) # Two Q-Q plots saved.
plx[1] # Fig. 19.1a
plx[2] # Fig. 19.1b
plot(coef(fm19.2mer)) # Fig. 19.2
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### code chunk: R19.6a
###################################################
dpx <- dotplot(rnf)
# dpx[1] # Dotplot for id (not shown)
dpx[2] # Fig. 19.3a
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### code chunk: R19.6b
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rnf.pVar <- ranef(fm19.2mer, postVar = TRUE) # ranef.mer-class object
dpx.pVar <- dotplot(rnf.pVar)
# dpx.pVar[1] # Dotplot for id (not shown)
dpx.pVar[2] # Fig. 19.3b
###################################################
### code chunk: R19.7a
###################################################
(eVCorr <- sapply(rnf, var))
VCorr
all(eVCorr < VCorr)
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### code chunk: R19.7b
###################################################
rnf.id <- rnf$id # Data frame with b_1,S
arnf.id <- abs(rnf.id) # abs(b_1,S)
afxd.id <- abs(fxd.id) # abs(beta_1,S)
range(afxd.id - arnf.id)
###################################################
### code chunk: R19.7c
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rnf.trgt <- rnf$target
arnf.trgt <- abs(rnf.trgt)
afxd.trgt <- abs(fxd.trgt)
range(afxd.trgt - arnf.trgt)
###################################################
### code chunk: R19.7d
###################################################
names(dt <- data.frame(afxd.id, arnf.id))
names(dt)[2] <- "arnf.id"
myPanel <- function(x, y, ...){
panel.grid(h = -1, v = -1)
panel.lines(c(0, 3), c(0, 3), lty = 2)
panel.xyplot(x, y, ...)
}
xyplot(arnf.id ~ afxd.id, # Fig. 19.4a
data = dt, panel = myPanel)
sessionInfo()
Any scripts or data that you put into this service are public.
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