inst/examples/euler.sir.R

In pomp: Statistical Inference for Partially Observed Markov Processes

require(pomp)

dat <- '"time";"reports"
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4;168
'

pomp(
     data=read.csv2(text=dat),
     times="time",
     t0=0,
     params=c(
       gamma=26,mu=0.02,iota=0.01,
       beta1=400,beta2=480,beta3=320,
       beta.sd=1e-3,
       pop=2.1e6,
       rho=0.6,
       S_0=26/400,I_0=0.001,R_0=1-26/400
       ),
     rprocess=euler.sim(
       step.fun="_sir_euler_simulator",
       delta.t=1/52/20,
       PACKAGE="pomp"
       ),
     skeleton.type="vectorfield",
     skeleton="_sir_ODE",
     rmeasure="_sir_binom_rmeasure",
     dmeasure="_sir_binom_dmeasure",
     PACKAGE="pomp",
     statenames=c("S","I","R","cases","W"),
     paramnames=c(
       "gamma","mu","iota",
       "beta1","beta.sd","pop","rho",
       "S_0","I_0","R_0"
       ),
     zeronames=c("cases"),
     fromEstimationScale="_sir_par_trans",
     toEstimationScale="_sir_par_untrans",
     nbasis=3L,
     degree=3L,
     period=1.0,
     initializer="_sir_init"
     ) -> euler.sir

## the following was originally used to generate the data
## simulate(po,nsim=1,seed=329343545L) -> euler.sir

c("euler.sir")