inst/examples/gompertz.R

In pomp: Statistical Inference for Partially Observed Markov Processes

require(pomp)

dat <- '"time";"X";"Y"
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100;1,28071364632546;1,23495259845453
'

pomp(
     data=subset(read.csv2(text=dat),select=-X),
     times="time",
     t0=0,
     params=c(K=1,r=0.1,sigma=0.1,tau=0.1,X.0=1),
     rprocess=discrete.time.sim(
       step.fun="_gompertz_simulator"
       ),
     rmeasure="_gompertz_normal_rmeasure",
     dmeasure="_gompertz_normal_dmeasure",
     skeleton.type="map",
     skeleton="_gompertz_skeleton",
     paramnames=c("r","K","sigma","tau"),
     statenames=c("X"),
     fromEstimationScale=function(params,...){
       exp(params)
     },
     toEstimationScale=function(params,...){
       log(params)
     }
     ) -> gompertz

## the following was used to create the data included
## simulate(po,nsim=1,seed=299438676L) -> gompertz

c("gompertz")