Nothing
### R code from vignette source 'iptw.rnw'
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### code chunk number 1: iptw.rnw:80-81
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options(width=80)
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### code chunk number 2: iptw.rnw:126-128
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library(twang)
data(iptwExWide)
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### code chunk number 3: iptw.rnw:147-157 (eval = FALSE)
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## iptw.Ex <- iptw(list(tx1 ~ use0 + gender + age,
## tx2 ~ use1 + use0 + tx1 + gender + age,
## tx3 ~ use2 + use1 + use0 + tx2 + tx1 + gender + age),
## timeInvariant ~ gender + age,
## data = iptwExWide,
## cumulative = FALSE,
## priorTreatment = FALSE,
## verbose = FALSE,
## stop.method = "es.max",
## n.trees = 5000)
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### code chunk number 4: iptw.rnw:162-170
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iptw.Ex <- iptw(list(tx1 ~ use0, tx2 ~ use1, tx3 ~ use2),
timeInvariant ~ gender + age,
data = iptwExWide,
cumulative = TRUE,
priorTreatment = TRUE,
verbose = FALSE,
stop.method = "es.max",
n.trees = 5000)
###################################################
### code chunk number 5: iptw.rnw:181-182
###################################################
plot(iptw.Ex, plots = 1)
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### code chunk number 6: iptw.rnw:187-188
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summary(iptw.Ex)
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### code chunk number 7: iptw.rnw:191-192
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bal.table(iptw.Ex, timePeriods = 3)
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### code chunk number 8: iptw.rnw:199-200
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plot(iptw.Ex, plots = 2)
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### code chunk number 9: iptw.rnw:208-209
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plot(iptw.Ex, plots = 2, timePeriods = 2:3)
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### code chunk number 10: iptw.rnw:222-223
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plot(iptw.Ex, plots = 3, color = FALSE)
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### code chunk number 11: iptw.rnw:232-233
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plot(iptw.Ex, plots = 4)
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### code chunk number 12: iptw.rnw:238-239
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plot(iptw.Ex, plots = 5)
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### code chunk number 13: iptw.rnw:249-258 (eval = FALSE)
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## data(mnIptwExWide)
## mniptw.Ex <- iptw(list(tx1 ~ use0, tx2 ~ use1, tx3 ~ use2),
## timeInvariant ~ gender + age,
## data = mnIptwExWide,
## cumulative = TRUE,
## priorTreatment = TRUE,
## verbose = FALSE,
## stop.method = "es.max",
## n.trees = 5000)
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### code chunk number 14: iptw.rnw:277-278
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unstabWt1 <- get.weights.unstab(iptw.Ex)
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### code chunk number 15: iptw.rnw:284-289
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nTx <- with(iptwExWide, tx1 + tx2 + tx3)
outDatUnstab <- data.frame(outcome = iptwExWide$outcome,
nTx,
wt = unstabWt1$es.max.ATE)
sv1unstab <- svydesign(~1, weights = ~wt, data = outDatUnstab)
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### code chunk number 16: iptw.rnw:294-297
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fitUnstab <- svyglm(outcome ~ nTx, sv1unstab)
coef(fitUnstab)
confint(fitUnstab)
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### code chunk number 17: iptw.rnw:303-312
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fitList <- list(glm(tx1 ~ 1, family = binomial, data = iptwExWide),
glm(tx2 ~ tx1, family = binomial, data = iptwExWide),
glm(tx3 ~ tx1 + tx2, family = binomial, data = iptwExWide))
numWt <- get.weights.num(iptw.Ex, fitList)
stabWt1 <- unstabWt1 * numWt
outDatStab <- data.frame(outcome = iptwExWide$outcome,
nTx,
wt = stabWt1$es.max.ATE)
sv1stab <- svydesign(~1, weights = ~wt, data = outDatStab)
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### code chunk number 18: iptw.rnw:317-320
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fitStab <- svyglm(outcome ~ nTx, sv1stab)
coef(fitStab)
confint(fitStab)
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### code chunk number 19: iptw.rnw:329-330
###################################################
confint(lm(iptwExWide$outcome ~ nTx))
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