Nothing
### R code from vignette source 'DriverNet-Overview.Rnw'
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### code chunk number 1: options
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options(width=60)
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### code chunk number 2: preliminaries
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library(DriverNet)
data(samplePatientMutationMatrix)
data(samplePatientOutlierMatrix)
data(sampleInfluenceGraph)
data(sampleGeneNames)
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### code chunk number 3: options
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options(width=60)
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### code chunk number 4: preliminaries
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# The main function to compute drivers
driversList = computeDrivers(samplePatientMutationMatrix,
samplePatientOutlierMatrix,sampleInfluenceGraph,
outputFolder=NULL, printToConsole=FALSE)
drivers(driversList)[1:10]
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### code chunk number 5: options
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options(width=60)
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### code chunk number 6: preliminaries
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# random permute the gene labels to compute p-values
randomDriversResult = computeRandomizedResult(
patMutMatrix=samplePatientMutationMatrix,
patOutMatrix=samplePatientOutlierMatrix,
influenceGraph=sampleInfluenceGraph,
geneNameList= sampleGeneNames, outputFolder=NULL,
printToConsole=FALSE,numberOfRandomTests=20, weight=FALSE,
purturbGraph=FALSE, purturbData=TRUE)
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### code chunk number 7: options
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options(width=60)
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### code chunk number 8: preliminaries
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# Summarize the results
res = resultSummary(driversList, randomDriversResult,
samplePatientMutationMatrix,sampleInfluenceGraph,
outputFolder=NULL, printToConsole=FALSE)
res[1:2,]
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