inst/doc/ExiMiR-vignette.R

### R code from vignette source 'ExiMiR-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: ExiMiR-vignette.Rnw:694-696
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library(ExiMiR)
data(GSE19183)


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### code chunk number 2: ExiMiR-vignette.Rnw:699-705
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library(affy)
eset.rma <- expresso(GSE19183, bgcorrect.method='rma',
			       normalize.method='quantiles',
			       pmcorrect.method='pmonly',
			       summary.method='medianpolish')



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### code chunk number 3: ExiMiR-vignette.Rnw:708-713
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eset.spike <- NormiR(GSE19183, bgcorrect.method='rma',
			       normalize.method='spikein',
			       normalize.param=list(figures.show=FALSE),
			       pmcorrect.method='pmonly',
			       summary.method='medianpolish')


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### code chunk number 4: ExiMiR-vignette.Rnw:723-726
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library(ExiMiR)
data(galenv)
data(GSE20122)


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### code chunk number 5: ExiMiR-vignette.Rnw:730-733
###################################################
eset.rma <- NormiR(GSE20122, bg.correct=FALSE,
			     normalize.method='quantile',
			     summary.method='medianpolish')


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### code chunk number 6: ExiMiR-vignette.Rnw:736-740
###################################################
eset.spike <- NormiR(GSE20122, bg.correct=FALSE,
			       normalize.method='spikein',
			       normalize.param=list(figures.show=FALSE),
			       summary.method='medianpolish')

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ExiMiR documentation built on Nov. 8, 2020, 8:26 p.m.