GeneExpressionSignature.R
In GeneExpressionSignature: Gene Expression Signature based Similarity Metric

### R code from vignette source 'GeneExpressionSignature.Rnw'

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### code chunk number 1: GeneExpressionSignature.Rnw:36-37
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library(GeneExpressionSignature)


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### code chunk number 2: GeneExpressionSignature.Rnw:48-62
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# If you have network access
#GSM118720 <- getGEO('GSM118720')
# GSM118721 <- getGEO('GSM118721')
if (require(GEOquery)){
  #treatment gene-expression profiles
  GSM118720 <- getGEO(filename=system.file("extdata/GSM118720.soft",package=
  "GeneExpressionSignature"))
  #control gene-expression profiles
  GSM118721 <- getGEO(filename=system.file("extdata/GSM118721.soft",package=
  "GeneExpressionSignature"))
  #data ranking according to the different expression values 
  control <- as.matrix(as.numeric(Table(GSM118721)[,2]))
  treatment <- as.matrix(as.numeric(Table(GSM118720)[,2]))
  ranked_list <-getRLs(control,treatment)}


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### code chunk number 3: GeneExpressionSignature.Rnw:73-77
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data(exampleSet)
show(exampleSet)
exprs(exampleSet)[c(1:10),c(1:3)]
levels(as(phenoData(exampleSet),"data.frame")[,1])


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### code chunk number 4: RankMerging
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MergingSet <- RankMerging(exampleSet,"Spearman",weighted=TRUE)
show(MergingSet)


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### code chunk number 5: ScoreGSEA
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ds <- ScoreGSEA(MergingSet,250,"avg")
ds[1:5,1:5]


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### code chunk number 6: SignatureDistance
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SignatureDistance(exampleSet,SignatureLength=250,MergingDistance="Spearman",ScoringMethod="GSEA",ScoringDistance="avg",weighted=TRUE)
ds[1:5,1:5]


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### code chunk number 7: RankMerging
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MergingSet <- RankMerging(exampleSet,"Spearman",weighted=TRUE)
show(MergingSet)


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### code chunk number 8: ScoreGSEA
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ds <- ScoreGSEA(MergingSet,250,"avg")
ds[1:5,1:5]


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### code chunk number 9: ScorePGSEA
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ds <- ScorePGSEA(MergingSet,250,"avg")
ds[1:5,1:5]


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### code chunk number 10: GeneExpressionSignature.Rnw:147-152
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if (require(apcluster)){
  library(apcluster)
  clusterResult <- apcluster(1-ds)
  show(clusterResult)
}


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### code chunk number 11: GeneExpressionSignature.Rnw:163-164
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sessionInfo()